1、交通事务治理的整体性问题
系统论的核心思想即为整体性理念。系统即依据一定规则或秩序将相同或相类似的事务组合而成的具有内在联系的整体。系统作为整体，它所包涵的各个要素决定了其功能和性质，各个要素均受到系统整体性的制约，同时也反作用于系统。通治理与环境污染治理、食品安全治理等高度复杂的社会治理相似，都属于跨部门的公共事务，在交通治理过程中不仅需要交通、公安、规划等部门尽职尽责，同时也要求城建、卫生、教育、工信、安监等部门的协同配合。
然而，目前严重的条块分割体制，使得交通治理体系受到了纵向业务治理“条条”和横向地域治理“块块”的双重分割与制约。申言之，在交通管理领域中，与道路交通运行相关的工作被划分到诸多部门，工作职能分工过细与机构重叠的现状，使得道路拥堵、交通事故、汽车污染、交通违章以及停车管理等社会难题的治理工作缺乏整体性。当前，城市交通事务并未实现由交管部门的统筹管理和指挥，城市的发改委、规划、建委、城管等多个政府职能部门依然掌握着诸如道路规划、道路建设、交通管理等领域的部分权力，交通堵塞、道路安全及环境污染等治理难题由于管理部门缺乏统一的协调和配合，而长期得不到有效解决。
例如，在交通缓堵治理方面，条块分割的管理体制削弱了交管部门间的协作能力，这不仅使得交通管理和道路规划缺乏应有的统筹性和前瞻性，更为严重的是，诸多城市表现出“城市交通悖论”现象，交通缓堵治理反而使得道路交通越治越堵。在汽车污染治理工作中，一直施行“警察公路各管一段”的车辆管理体制，这种体制缺乏整体合力，不仅导致各自为政、政出多门、管理缺位、管理错位及权威效果降低等问题，亦无法出台标本兼治的综合治理措施。可以说，当前的汽车污染管理体制缺乏协作性和整体性，公安交管、环保、工信、交通等部门之间也缺乏应有的整体意识和协作机制，横向沟通壁垒重重，再加之环保部门缺乏对在用车辆进行抽查、处罚的有效执法手段，我国汽车环保管理工作一直举步维艰。
因而，在机动车保有量激增、交通状况日益复杂化、交通事故矛盾频发、交通执法日益透明化的新形势下，传统的条块分割管理模式和静态工作机制已无法有效应对新情况和满足社会公众的需求。特别是在社会机动化不断加快、城镇化持续推进及公安全面改革不断加深的大背景下，构建跨主体协作、跨行业协作、跨功能协作、跨部门协作的组织体制势在必行。注重政府各职能部门之间，政府部门与私营企业之间、社会组织之间的协同合作，构建以社会化服务为治理导向、以整合资源为核心的运行机制，已然成为交通治理创新和治理体制社会化改革的重要课题。
2、交通事务治理的开放性问题
系统论认为，单个系统个体均与其他系统个体处在互相作用和彼此联系之中。每个系统的内部要想维持动力、秩序井然，必须与外部环境进行物质、数据以及能量交换，保持动态开放性。否则，该系统将无法持续发展。系统论表明，凡系统都处于一定的环境条件下，同时通过与外界的信息交换、能量交换和物质交换，使系统要素甚至整个系统处于不断的变化、运动和发展的动态过程中。开放性的系统论与唯物辩证法中的联系观具有诸多的内在关联和外在契合，它要求个体在解决问题时应认识到外部环境和条件状况与系统之间的关联性。
然而，以系统论的理念来审视交通事务治理的现状，其在动态开放性方面依然存在着诸多的不足和问题。一方面，公众参与缺乏有效的制度保障。公众参与是交通治理机制开放性的重要表现，有效的公众参与能够增强交通管理的权威性和认可度。我国《道路交通安全法》和《道路运输十三五规划》等规范性法律文件虽然都明确规定了“公众参与”，但是公众如何参与到的交通事务的决策、执法和监督过程并没有明确的细化规定。总的来说，在公众参与的保障体制中，公众的知情权、参与权、表达权、监督权的合理实现是多元化公众参与的基础和前提，政府的回应机制则是有力保证。在科学的道路交通诉求关系中，政府与公众的良性互动体现在三方面：第一，道路交通管理部门积极倡导社会公众参与交通问题的研讨、道路交通的规划和交通政策的制定，了解和吸收民众的诉求和建议。例如电子问卷调查、召开交通政策座谈会、交通规划论证会等。第二，社会公众主动参与，向道路交通管理部门反映自身的交通利益诉求。第三，当发生侵害相关交通个体权益并由此引发社会交通环境恶化时，公众能够通过一些途径申请司法部门或相关主管部门维护自身权益，例如控告、举报等。
然而，从社会实践来看，多元化主体的参与模式还远未形成，社会公众参与交通治理的各项程序性法规仍亟待完善。在当前的交通管理改革实践中，虽然逐渐加入了多元化的主体机制和民主因素，但是从其运作机理的实质上来看，仍然属于威权模式的运行范畴，即从以前的“家长型的威权模式”转变为“共治型的威权模式”。申言之，在现阶段的交通治理模式中，交通政策的制定者仍然处于政府机构内部，交通政策的施行也往往被限定在相关管理部门的上下级之间，显现的仍是不同级别行政机构的权力在资源配置和职能运行方面的交织碰撞。事实上，大量的治理决策是在信息源欠缺的条件下制定的，由于缺少社会公众参与，导致社会公众对交通政策的接纳性和理解度较低，由此引发交通政策施行过程中的不畅和受阻，削弱了政府交通政策的执行能力。
另一方面，第三方治理空间的开放性有限。作为公众参与权力运行的重要纽带，社会组织实际上也是公民进行自身利益表达的一个重要途径。特别在现代社会的治理结构中，社会组织的发育程度和存在状态代表了整个社会的民主进步程度和公民参与治理的发展水平。事实上，道路交通领域中的社会组织，为公众参与交通事务治理提供了一种非官方的组织化渠道，即通过对社会资源的横向整合以及公众利益诉求的有效组织化，在“自下而上”的反向建构中影响和型塑交通事务治理的顶层设计。然而，在我国单一交通治理主体模式下，交通治理方式以管制型为主，社会组织虽然有了一定程度的发展，但其仍存在诸多难题和困境。一方面，交管部门在传统“管制”、“控制”社会秩序刚性维稳观的思维方式下，对社会公众的治理参与和理性诉求，既缺乏认同，亦无对策思路，甚至大量担忧交通社会组织的利益表达可能会带来对其领导权威和管理权力的挑战。另一方面，大多数交通社会组织与政府之间的关系遵循“帮忙不添乱，参与不干预，监督不代替，办事不违法”的原则，以寻求得到政府的支持、帮助与合作。在这样的理性温和策略指导下，交通社会组织往往行事谨慎，甚至在一些重大利益面前选择退避三舍，或失语，或集体缺位的处置方式。
3、交通事务治理的动态性问题
系统论提出，所有的系统都会基于内部或外部的因素而处于运动状态，并且这种运动贯穿着每一个系统的初生、成长和变化的所有过程。在机动化社会快速发展时代下，动态性对交通事务治理而言至关重要。因为纵使初期通过科学的程序和方法制定出了合理的政策、机制，但如果不能根据时代变迁以及交通系统本身的发展及时进行调整，原先的制度设计则会因为难以适应新型环境而对道路交通的发展造成阻碍。依据系统论的动态性机理来检视和反思我国交通事务治理现状，依然大量存在交通治理理念方式滞后以及制度创新供给不足等问题。
具体而言，一方面，动态治理不足。随着当前工业化、城镇化、机动化的快速发展，道路交通格局正在发生深刻变化，交通管理工作面临着一系列新情况、新问题和新挑战。然而，面对不断变化的道路交通形势，我国交通事务治理的动态调整还存在以下问题:第一，在治理理念上，交通管理部门仍习惯于传统的粗放治理、被动治理，一些新生事物如共享单车、网约车、共享汽车和无人驾驶等问题没有得到有效及时治理，而运动式的严打也只能起到阶段性效果。第二，在治理方式上，城市交通勤务模式不适应现代城市管理需求，现场执法管理不到位；交通组织规划不精细，交通信号灯和标志标线等交通设置不科学，道路时空资源挖掘不充分；交通管理方式滞后，科技智能化手段应用不够，智能交通建设碎片化、低端化，大数据、云计算等先进技术的应用与整合尚待进一步提升。
另一方面，源头治理不足。交通事务治理是从交通规划、交通组织到交通管理的全程动态整合，需要兼顾“前端预警控制”和“神经末梢治理”，而我国一直以来对交通问题源头疏于治理，主要表现为:第一，交通管理部门仍习惯于事后治理，在问题发生后采用“救火”模式的应急处置，对于道路风险预警监控的“前端治理”投入不足。交通治理实践中，一些执法人员甚至热衷于事后罚款的管理措施，执法目的和手段严重错位，使得大量可以避免的交通问题因未能及时发现处理而不断蔓延扩大。第二，城市交通规划、建设、管理之间不协调，前端规划建设对末端运行考虑不足；末端治理需求对前端规划建设的反馈不够，交通事务治理的前端设计与末端运行的脱节情况较为严重，使得大量交通问题无法在源头治理中得到有效解决。