1.临时采购多，计划性差
与普通企业通常生产具有固定规格及型号的标准化产品不同，军工科研院所通常针对型号，非标化产品种类杂，且数量多。此外，科研院所进行的型号研制通常是一个循序渐进的过程，大多是所谓的“三边”工程，即一边设计、一边试验，一边进行生产制造，与此同时也常会根据试验的结果及顾客的要求随时调整设计方案，因此经常需要新增或删减采购任务，采购计划性较差，采购成本高，进而导致供应商管理混乱且低效。
2 供应商的选择权不在物资采购部门
科研院所的备选供应商大多情况下是由一线设计或使用单位的人员根据项目的技术规格书或所需产品的规格型号随机查找和选取的满足其需求的厂家，只是流程式的按照程序要求通过相关管理部门（采购、质量）将其纳入准许采购名录，而采购、质量等相关部门无权进行更改，因此造成实际采购下单的权利分散掌握在一线设计人员手中。此外，由于军工产品质量和性能的要求高，有些产品是供应商按照签订的技术协议定制生产的，具有唯一性，因此，采购等部门只能被动的按照要求实施采购。上述原因均导致供应商评价审查流于形式。
3.缺乏信息化管理手段
以核动力院为例，院合格供方名录内现存合格供应商约计2275家，其中民品类供方1934家，军品类供方323家，涉及科研生产、代理后勤保障等各方面。此外，平均每日的备选供应商新增数量在10个左右。由于军工科研院所的保密要求，现代化的互联网的应用受到限制，导致其信息化平台建设落后。数量众多的供应商由人工进行统管，进而导致供应商管理效率低下。主要表现如下：1）评价时间和流程长；2）同一供应商在合格供方名录总重复出现；3）对同一供方，存在不同的采购主体重复评价现象；4）常出现人为误差。人工管理，人工录入时常出现差错，如不同供应商对应的供方编码重复，供应商有效期错误等。
4.分类、分级标准不明确，可操作性差
以核动力院为例，供方类别划分为建设工程类、科研生产类 （生产制造类、代理经销、服务类等），其它类，其中与后勤保障及公共服务有关的物项和服务，例如柴米油盐，图书耗材、医疗保险、医院药店等与科研生产质量无关的供应商也需进行评价管控，造成资源浪费。此外，科研生产类供方评价类别（A,B,C）分级标准没有清晰的特征指标，操作层面上执行困难。
5供应商审查有效性、可靠性亟待提高
以核动力院为例，供方管理部门通常根据本单位供方管理制度的规定对潜在的备选供应商进行资格准入审查。资格准入审查通常采用文件审查和源地审查两种形式。通常对于B级以下（含B级）产品的供应商采用文件审查形式。进行文件审查时，通常根据供应商提供的资质文件进行核对，多流于形式。此外，审核主要有质量管理人员负责进行，而质量管理人员不具备设计、生产及财务方面的专业技术能力，导致审核效果不理想，供应商准入管控不到位。
对A级产品的供应商除进行文件审查外，还要进行源地审查。结合上述特点4，由于分级不标准不清晰，因此对大部分供应商都要进行现场审查，而供应商大多分布在外省市，从而需花费大量的时间和精力，造成人力和物资的浪费。
此外，同一供方评价，采购主体单位审查评价后，均要院供方管理部门处领导签字确认，造成重复评价，效率低下。而纳入《合格供方名录》的供应商，在一个有效周期内对其技术、商务、质量保证能力的不再进行复核，因此其提供产品和服务的可靠性无法有效保障。