在给我国政治、经济、文化带来的繁荣的同时，免签政策本身也面临着诸多风险。缺少了入境审查环节的外国旅客进入我国后极大地增加了其不可控性。长时间在我国境内滞留将会给我国国家安全带了极大的威胁。
1.恐怖主义活动不可控性加深
随着全球化进程的加深，恐怖主义的活动范围也不断扩大，恐怖主义跨国性特点突出。近年来，从我国境内发生恐怖活动来看，主要共性即为与境外恐怖组织相勾结，境外组织散播恐怖主义思想、进行恐怖活动训练，再将其送入国内实施恐怖活动。我国施行的过境免签和入境免签政策将进一步吸引国际恐怖主义进入我国。恐怖分子的伪装能力强，再加上没有入境前的签证审查环节，很难在其入境时发现。一方面，恐怖分子将我国作为中转国的过程中，对我国宣扬恐怖主义，传播恐怖主义思想。另一方面，恐怖分子将我国作为其实施恐怖主义的目的国，直接维系我国国家安全，造成不可挽回的损失。
2.跨国（境）犯罪防控难度增加
随着“一带一路”倡议不断拓展和完善，我国经济不断发展，国际交往日益紧密，再加上我国移民政策朝着开放、包容的方向发展。免签政策吸引了大量外国公民进入我国工作、学习、投资等。免签政策给我国带来了经济繁荣的同时，也为跨国犯罪打开了一扇方便大门。缺少了入境审查环节，对跨国犯罪的防空是十分不利的。面对跨国贩毒、偷渡、走私等有组织类型犯罪，其反侦查能力强、隐蔽性高，往往很难再通关时将其发现。加之免签政策的便利，大大降低了我国移民管理机构对跨国（境）犯罪的防控。
3 .给我国社会管控增加难度
移民活动本身就是风险行为，基于免签政策入境的外国人风险程度更高。随着我国的移民政策逐渐开放与包容，进入我国境内活动的外国人日趋增多。免签政策不断发展，更加吸引了外国人来华旅游、工作、探亲等。使得我国境内外国人比例不断增多，给我国社会管控增加难度。一方面，免签入境的外国旅客数量增多，加之外国人在华犯罪的法律规定并不完善，给我国社会稳定带来了挑战。另一方面，免签进入我国停留时间越来越长，免签入境的旅客在我国停留时间最长不超过一个月，过境免签的旅客最长滞留时间则不超过144个小时，免签入境的外国人很容易非法居留、非法就业，甚至危害国家安全。
4.影响我国与他国外交关系
免签入境的外国旅客大部分来华目的是旅游、工作、探亲等，但缺少入境审查环节，仅凭其证件和机票等相关证明，根本无法得知其来华真正目的。其入境后若蓄意与我国公民或政府挑起事端，加之大肆宣传，很容易影响我国在国际社会上的地位，影响我国外交。