1.扩大普通高校的办学自主权是应用转型的必由之路
由于各高校具有不同的发展历史、处于不同的区域、拥有不同的资源优势及不同的文化，决定高校只能因地制宜确定不同的发展战略，提高自身竞争力。为了实现大学特色发展之路，避免重蹈高校千人一面的覆辙，有效地进行应用型大学建设，政府须进一步下放高校在人事、经费方面的自主权。
（1）人事权的下放
①学校教师应被赋予校级领导的选举与罢免权
纵观国内外高校发展的历史，那些具有悠久历史的杰出高校无疑都具有自己恒久的价值观，对价值观的坚守，形成了特定的高校文化，拥有了不同于其他高校的特色，正因为拥有特色，高校才被社会接受并长久存续。
高校的带头人是高校价值观的倡导者和推动者，但高校教师是价值观的践行者和坚守者。所谓铁打的衙门流水的官，教师要在这所学校工作一生，教师把学校办好的意愿远比政府官员更强烈，他们更了解这所学校，也能做出更好的价值判断。教师公选的校长就必定代表广大教师的意志，其施政办学理念会契合高校的价值观，使高校的价值观及基于价值判断的发展目标、发展战略得以延续，最终形成了学校的办学特色。可在一定程度上避免高校的同质化倾向。
教师选聘校长，可以避免因校长的更替造成的高校的发展战略和办学方向的摆动与偏离。而且，战略的制定者是校领导，执行者是普通教师，他们之间理念、价值的一致会使转型战略的制定与执行更加统一顺畅，对高校应用型转型发展更加有利。
②教师聘用权的下放
建立应用型、双师型师资队伍是一项长期的系统工程，聘什么样的教师、聘任多少、建立良好的师资结构应服从于学校的办学特色和发展战略。目前教师聘任条件、编制数量由省级教育主管部门来决定，这种制度实行了很多年，并不满足应用型个性化的大学发展需要。从逻辑上分析，聘什么样的教师、聘多少教师应由办学主体—学校来自主决定，政府要做的是控制拨款总量。从应用型大学的教学、科研需要分析，教师的来源应不拘一格，来自高校的博士可以，那些拥有硕士学位但在企业、科研单位多年磨砺的专业人士更需要！代表政府的省级教育部门应该解除目前教师编制、聘任的条条框框，将用人自主权还给学校，才能将更多的应用型人才纳入进教师队伍。
（2）学科专业设置与发展的自主权下放
普通高校经过扩招和升级浪潮之后，形成了学科、院系设置大而全的局面，面对有限的政府拨款、有限的教学资源，势必要在办学规模和办学质量上做出取舍，像企业一样进行SWOT分析，对学校对于为满足升级大学条件而设置的弱势学科、院系要么放弃要么重组，对具有竞争力的传统优势学科扩大招生和重点投入，创办成具有局部竞争优势的大学，这些都需要大学自主做出抉择。民国时期教会学校的办学方法可以为众多经费不足的地方普通院校提供借鉴。
（3）改变经费划拨方式，扩大高校经费使用自主权
目前，国家对高校采用综合定额加专项经费的拨款模式。“综合定额”根据政府主管部门制定的生均经费定额标准和高校在校生数量来核定；“专项经费”曾经涵盖很多内容，但在目前高校实际运营中，专项经费主要指科研经费。为适应转型发展的战略需要，须对现行拨款方式做相应调整，使高校在资金使用上拥有更大的自主权。
①改变“综合定额”经费拨款方式
“综合定额”费用部分，建议将生均经费定额乘以在校生总数的计算模式，调整为86年以前实行的“基数加发展拨款”模式，即按照学校规模和编制，确定拨款基数，每年按百分比增加。采用“基数加发展拨款”模式是基于目前高校规模处于平稳发展的阶段，且随着生源的递减，未来办学规模不会扩大这样一个事实。主要目的是抑制高校通过扩大生源获取经费的冲动，将办学重心转移到提高培养质量上。同时在这种模式下，高校在学科、专业的重构过程中，不必担心因在校生数量减少造成的拨款降低。
②专项经费（主要是科研经费）部分，建议增加经常性科研经费拨款，降低竞争性的科研拨款比例。省级政府直接拨款包括经常性科研经费拨款、专项科研经费拨款，经常性科研经费拨款主要体现为不与科研项目挂钩而与专职科研人员编制挂钩的科研事业费。专项科研经费拨款是由政府以具体项目的形式通过各高校竞争获取的科研经费，目前竞争性资金提供方式是政府对大学科研进行资助的主导方式，政府几乎不给大学提供非竞争性的、经常性科研经费。
应用型大学的科学研究应聚焦于应用性项目的研究和开发，服务区域和行业经济，科研项目来源于行业需求及校企合作过程中企业面临的实际问题，所以不同高校科研方向及重点存在差异性，而由政府统一指定科研项目不能满足应用型科研多样性、差异性的需要，而且竞争性的项目拨款容易因程序或人为因素造成不公平。因此针对应用型院校，政府在总的科研投入规模下，扩大经常性科研经费的比例，经常性科研经费作为科研经费的主体直接划拨给高校，由高校根据自身的“校情”自主决定科研项目的立项、管理和科研成果的评估。