（一）良知本体上的“以自然为宗”
王畿的良知说，是对阳明良知说的继承与发展。“良知”作为一个明确的概念，首先由孟子提出：“人之所不学而能者，其良能也；所不虑而知者，良知也。”这里孟子所谓的“良知”是指人所具有的一种不需后天反省的能力，即把“良知”作为表示天赋道德意识的范畴，并被后人所沿用。到了阳明时代，王阳明将“良知”作为“心即理”的浓缩表达，将一切合法性与合理性的根源从外在的天理转化为内在的良知，以后者所代表的道德主体性取代前者的权威，并指出“个个人心有仲尼”、“人人自有定盘针”，强调了良知的先天性。王畿继承了其师把良知作为天赋道德意识的观点，并进一步向前推进而更注重“良知”的自然特性。
他在《斗山会语》中曰：“良知者，性之灵也，至虚而神，至无而化，不学不虑，天则自然。”以“不学不虑，天则自然”八个大字赋予了“良知”先天完足、自然天成的独特内涵。“自然”即天然。王畿在其文集中谓“良知”乃“天所为”、“天之所为”、“混沌立基”、“天地之心”、“天成”等均可谓“自然”的代名词而强调良知本体的先天性和自然性。同时，“盎然出于天成”的良知心体含有天然的法则，这种法则贯穿于每个人的心中，与生俱来：“良知是天然之则，格者正也，物犹事也，格物云者，致此良知之天则于事事物物也。”在此基础上，王畿还强调，良知天赋于主体与主体自觉地意识到良知是同步完成的，这种伴随天赋而来的明觉，又称“自然之觉”而被王畿多次提到：“良知者，自然之觉，微而显，隐而见，所谓几也。”当然，王畿在其良知本体论中也进一步发挥了王阳明将本心良知作为判断是非的价值标准，他指出：“良知者，是非之则，千圣相传真滴血也。”“良知者，本心之明、是非之则也。”从而将阳明学对道德主体的高扬、个体人格的尊重向前推进。同时，王畿既然认定“良知”的先天性和自然性，那么，他提出“良知”超越品级地位悬殊和贤愚圣凡差别而“人人具足”就显得顺理成章：“良知人人所同具，无间于圣愚”“无间于圣凡”良知“本来具足，众人之心与尧舜同。”如果说孟子“人人皆可为尧舜”的思想只是提出了人人可成圣的潜在可能性，那么王畿则认为常人的良知当下就与圣人平等，他由良知本体先天自然而过渡到良知圣凡同具，同时又用良知的平等性和平常性反过来重新宣扬和诠释了良知本体的“天则自然”、“盎然出于天成”。
综上可得，王畿用他的良知先天自然、良知是天然之则、良知乃自然之觉、良知者是非之则、良知无间于圣凡等一系列理论，共同完成了他“以自然为宗”的学术宗旨在良知本体论上的体现。
（二）致知工夫上的“以自然为宗”
如果说在良知本体论上的“天则自然”更多地体现了王畿对阳明良知说的继承和一定程度地发挥，那么在良知工夫理论上，王畿则真正如论者所言“时时不满其师说”以至“悬崖撒手，非师门宗旨所可束缚”。王阳明以“致良知”为“学问大头脑”，“良知”是本体，“致”是工夫，通过工夫致得良知，即谓“致良知”。阳明在肯定良知作为先验的道德本体而得自于天的同时，又对本然之良知与自觉意识到的良知作了区分，认为这种天赋良知并不必然的转化为道德行为，当良知在发用流行过程中为人情习气所遮蔽时，就只有通过后天“体究践履”的致知工夫才能“去蔽”以“明复”良知本体，使之转化为自觉之知。正如阳明在天泉证道的“四句教”中提出的“无善无恶心之体，有善有恶意之动”，他认为“盖心之本体本无不正，自其意念发动后有不正”。因此阳明主张，在心发动产生各种或善或恶的经验意识后，就必须对之加以澄治和明复，故阳明的工夫论从整体上说是以诚意为中心和重点的，或者说是以工夫复本体的工夫理论。
在王畿的思想体系中，与阳明良知观的根本不同之处在于它摒弃了王阳明关于良知“受蔽”和“明复”理论，王畿的体认良知之功，既不同于程朱理学在性外别求物理，也不是如其师的“诚意”、“格物致知”，而是“从先天立根”、“即本体便是工夫”的“易简省力”之功。王畿的“四无说”认为，“若悟得心是无善无恶之心”，则“意即是无善无恶之意，知即是无善无恶之知，物即是无善无恶之物”，既然“良知是天然之灵窍”，那么“致良知”也应“以自然为宗”“人力不得而与”，王畿谓之“无工夫中真工夫”，强调了致知工夫的自然性。
关于王畿在致知理论上与王阳明及王门诸子不同的这一特点，黄宗羲在《明儒学案》中有一段极有针对性的论述，认为阳明重视工夫，强调以“收敛”为主，为了销欲去蔽，需保持高度的戒慎恐惧之心，需要从工夫上说本体，加强心体对外物善恶是非的分辨与选择，进而收敛复归至善的良知本体，以防止心之体被物欲所玷污。从阳明的“收敛保聚”说与“致知工夫”说出发，资性“沉毅”的邹东廓、聂双江、罗念庵、钱德洪分别提出了“戒慎恐惧”、“寂而常定”、“主静立极”、“事上磨练”等命题，主张用“收敛保聚”取代“轻快洒脱”的良知本性，由于他们都强调致良知的工夫，因而共同组成了工夫派系统。王畿与阳明及上述王门诸子不同，他仍然本着其“以自然为宗”的学术宗旨，强化“自然”本能，从本体自然和工夫自然两个方面，推崇“自性流行”的天之所为，拒斥“收敛保聚”的人之所为，进而取消销欲去蔽的道德修养工夫。基于此，他在文集中多次阐明“自然之用”的功夫，指出“人力不得而与”，排斥人之所为。他认为良知“不待修证而后全” “不须防检，不须穷索”“才涉安排放散等病，皆非本色”，“良知本顺，致之则逆。目之视、耳之听，生机自然，是之谓顺；视而思明、听而思聪，天则森然，是之谓逆。”后天的工夫和修为只会阻碍真性的自然流行。由此，王畿主张取消“加损”和去“遮蔽”的工夫，认为良知上的任何增益都是违背“自然”天则的：“良知本无知，良能本无能，学者复其不学之体而已，虑者复其不虑之体而已，非有加也。”这样，王畿便由良知本体的自然性过渡到致知工夫的自然性，他并不否认工夫的存在，只是极力反对离开本体而谈工夫，指出“圣人学者本无二学，本体工夫亦非二事”，强调本体与工夫的合一。
当然，王畿也认为致良知工夫因人而异，他说：“人之根器不同，功夫难易亦因以异。从先天立根，则动无不善，见解嗜欲自无所容，而致知之功易。从后天立根，则不免有世情之杂，生灭牵扰，未易消融，而致知之功难。势使然也。”在王畿的思想中，有高低、权实、主次两个层次，这是因为阳明在天泉证道中有这样的最后指示，但王畿自己还是立足上根，重视高的、实的、主要的层次，强调得更多的还是“易”的工夫，即从本体立根的工夫，他指出：“良知不学不虑，终日学，只是复他不学之体；终日虑，只是复他不虑之体。无工夫中真工夫，非有所加也。工夫只求日减，不求日增。减得尽，便是圣人。”这种“无工夫中真工夫”理论的提出在并不完全否认工夫的存在基础上，强调了致知工夫的自然性。而对于中根以下的学者而言，那种从后天立根的“反之”工夫，则被王畿认为是比较难的，是权法，不是主要的。
可以看出，王畿以“盎然出于天成”的良知本体论引发出“无工夫中真工夫”的自然致知论，从本体和工夫两个层面诠释了其“以自然为宗”的哲学理念。