（一）内部控制意识薄弱
随着财政部对行政事业单位内部控制工作力度加大，各行政事业单位也更为重视其内部控制问题。然而行政事业单位资金来源相对稳定，且不以营利为目的的性质致使其风险控制意识较弱，风险评估机制不健全，风险应对能力不足。由于受长期以来陈旧思维和认识的影响，未能意识到内部控制对行政事业单位的重要性，致使内部控制制度得不到有效执行。我国行政事业单位各级工作人员普遍缺乏对内部控制的相关认识，将内部控制制度简单等同于财务制度，导致内部控制体系不完善、可操作性不强。
（二）内部控制制度不健全
部分行政事业单位简单引用上级主管部门的相关制度，未根据本单位实际情况进行设置，导致内部控制制度不切合内部控制需求，不能针对性地本单位解决内部控制问题，或未进行精细化设置，内部控制岗位职责不明确，业务流程简单，内部控制效果差强人意。部分行政事业单位在进行机构设置时误将内部控制职能机构置于财务部门或纪检部门之下，导致内部控制活动具有明显局限性，难以在行政事业单位全面开展。
（三）内部审计监督缺位
我国大部分行政事业单位都已设置内部审计机构，然而并没有将其作为重点建设内容，未能形成完善的内部审计体系，导致内部控制工作缺乏科学有效的监督体系进行制约。内部审计机构配置的内审人员多为兼职财务人员，缺乏独立性和权威性，必备的专业审计知识技能不足，职责定位模糊。此外，以审计部门为主的监督机构工作重点多放在财务收支上，较少对内部控制体系进行检查，不能发挥监督机制应有的作用。
（四）专业人才缺乏
新形势下行政事业单位内部控制工作的复杂性要求相关工作人员具有较高的专业技能，并需要具备熟练操作相关工作软件的能力。目前内部控制人员多由财务人员兼任，且普遍存在老龄化现象，内部控制队伍整体水平较低，工作效率难以得到提升。行政事业单位对内部控制工作的重要性认识不足易忽略对高素质人才的需求，高水平人才的缺乏导致内部控制水平长期停滞不前，内部控制工作不能够发挥其应有的作用。