（一）提升内部控制意识
行政事业单位内部控制系统的建立健全首先需要强化单位领导对于内部控制的责任意识，明确内部控制工作的重要性和必要性，统筹单位内部各部门，优化资源配置，做好单位内部控制工作。在单位内部各部门加强对内部控制的宣传学习，定期组织相关工作人员进行内部控制专题培训，交流探讨内部控制工作的经验做法。同时建立相应的奖惩机制，激发内部控制工作的积极性，严肃处理工作中的违法违纪行为，形成并强化自上而下的内部控制意识。
（二）健全内部控制制度
内部控制体系构建应当在全面了解行政事业单位现状的基础上，明确内部控制管理目标，有针对性地构建相应的管理体系，并根据基础环境变化对制度进行适应性调整，为具体业务执行提供详细的工作指引。明确内部控制工作人员的岗位职责，定期进行工作考核，并实行轮岗制度。此外，还应建立内部信息沟通机制和外部信息反馈机制，以实现内部工作安排及业务信息及时上传下达，便于进行内外部信息沟通，实现业务流程透明化、结果公开化。
（三）强化内部审计监督
行政事业单位内部控制建设的有序进行需要健全的监督机制进行保障，内部监管与外部监督相结合，保证审计部门的独立性和权威性。行政事业单位需完善内部控制审计流程，落实分岗设权制度、授权审批制度以及内部控制定期汇报制度，实现内部控制体系的优化设置，及时发现问题并积极应对、有效处理，充分发挥监督职能，促进行政事业单位的长足稳定发展。
（四）重视专业人才培养
高素质的专业人才是内部控制质量的重要保证，内部控制团队建设对于内部控制体系有着不可或缺的重要作用。行政事业单位应设置专职的审查、稽核人员，并针对各岗位工作进行持续性的专业培训，实现工作人员综合素质的提升，确保内部控制工作能够高质量完成。此外，还需完善人才储备机制，提升人才培养意识，加大人才选拔力度，加强人才队伍建设。
（五）提高信息化水平
社会发展将信息化手段引入行政事业单位的日常管理当中，为其内部控制实施提供了新的方法，同时也提出了新的要求。行政事业单位应充分利用技术手段推进内部管理的信息化建设，借助信息化技术完善日常工作流程，更好地实施全面风险控制，最大程度减少人为差错的产生，进而优化内部控制管理，提升内部控制工作效率。