1. 代理成本难以消除。当前对于大部分企业集团而言，各层级企业所有权与经营权都是分离的，集团公司出资成立下属企业后，一般是招聘或委派经理人负责经营管理下属企业。由于所有者与经理人的需求和利益有差异，并且双方存在着信息不对称，这很可能会导致所有者的逆向选择和经理人的道德风险，从而产生代理成本。为了减少成员企业代理成本，对于企业集团而言，所有者必须构建财务控制体系，加强对集团财务的控制，这也是企业集团构建财务控制体系的一大促因。
2.集团成员企业财务目标难以一致。财务控制的最终目的是为了实现股东利益最大化。母公司的财务管理目标一经确定，各子公司一定要遵循这个整体目标，在这个大目标的前提下根据自己的特殊情况制定分目标，然后子公司的下属子公司再根据这个分目标制定自己的分目标并贯彻执行。也就是说，各个子公司在战略目标的选择上不可各自为政，必须局部利益服从整体利益，与集团公司相向而行，这决定了集团财务目标管理的多层目标特点。
3.集团财务控制的多层次性。企业集团存在多级子公司，决定了其财务控制的多层次性。母子公司间财务控制的主体是母公司，财务控制的执行者是母公司财务管理部门。该财务控制不同于单一的法人企业财务控制，它体现为多层次性，首先是集团公司对其一级子公司、一级子公司对二级子公司、二级子公司对三级子公司等所形成的层层财务控制和管理系统。