1.高校缺乏专业的会计信息化管理复合型人才
“互联网+”背景下的会计信息化，对财务人员的计算机水平提出了更高的要求，要求财务人员不仅要具备专业的会计知识，还需具备把会计知识应用于会计信息化系统中的能力。而在我国大部分的高校都缺乏专业的信息化会计人才。综述原因，一方面很多高校在信息化建设方面还处于萌芽状态，会计信息化系统的开发意识比较薄弱；另一方面高校的财务管理队伍力量薄弱，加上高校的管理层不是特别重视培养会计信息化管理的复合型人才，所以很多高校缺乏专业的会计信息化复合型人才。甚至有的高校，财务管理仍采用人工对账的传统方式，工作效率很低。高校的会计信息数据需要大数据的支持，才能不断提高财务管理水平。对于会计信息化的建设，高校既要在思想观念上跟得上“互联网+”背景下的理念，又要建立起大数据的思想观念，很多时候高校缺乏这些观念。
2.高校的信息化共享平台存在安全隐患
信息共享是“互联网+”背景下会计信息化发展首要完成的重要任务，为了实现会计信息化的可持续发展，必须依托共享平台。通过共享平台，可以推动会计信息化的快速发展，所以发展会计信息化的前提是要有可靠成熟的共享平台。目前，很多高校的共享平台要么还没开始建设；要么因为建设不够完善受到各方面风险因素和技术不成熟的制约，有很多功能还无法满足高校会计信息化发展的需求。同时，虽然通过互联网可以满足会计信息化的快速发展，但是网络本身存在的安全隐患问题，资源共享过程中还是会出现一些信息泄露或被恶意修改等问题，造成会计信息不真实、不科学的传授。存在的安全隐患问题，一来是因为高校对会计网络安全性认识不够，缺乏对管理人员实施定期的安全防护内容培训，阻碍了会计信息共享资源健康发展，会计信息网络建设没有安全保障。另一方面，网络资源共享平台的保密措施单一、不牢靠，安全系数较低，容易被木马程序破译，因此会计信息资料也容易被窃取。
3.高校缺少健全的会计信息化标准和法规
目前很多高校还没意识到会计信息化建设的重要性，所以相应地在制度建设方面也没有建立起科学合理的信息标准，相应的信息安全立法体系也还没形成，这些问题都给高校的会计信息化的工作开展带来一定的难度。随着互联网技术的不断更新发展，高校的相应会计信息化标准和法规也应建立起来，有了制度的保证，才能发现和解决存在的问题，而且做到有理有据，依据办事，科学合理的信息标准才能适应“互联网+”时代的发展。