在新区建设初期，国内各新区大都采取管委会体制，特别是在新区范围内区划调整还不能一步到位的情况下，迫切需要一个统一的建设和管理机构，因此，实行管委会体制是其必经之路。2016年8月，福州新区党工委和管委会正式组建，全面负责新区的经济建设和开发管理，新区管委会由市委书记兼任新区党工委书记，市长兼任新区管委会主任。
但是，新区管委会作为政府的派出机构，不是一级政府，从法理上讲，其派出机构的性质目前还存在法律缺陷。从实际运作过程看，由于新区管委会只是一个协调机构，而非领导机构，普遍存在行政主体缺位、相应管理权限缺乏等现象，其弊端是显而易见的。特别是随着新区开发建设由基础设施逐步向经济领域的不断深入，原有行政区域的行政壁垒和利益冲突日益凸显。在先试先行、推行改革的过程中，由于缺乏明确的法律地位、缺少法律授权，使得新区管委会的行政管理工作还存在许多的障碍，这一定程度上制约了新区管委会的综合协调和创新发展能力的充分发挥。
尽管福州新区管委会已成立并独立运作，但目前管委会更多的是承担新区的规划和协调功能，而政府的经济、行政功能比较欠缺。由于功能不全，新区管委会所能发挥的作用有限。目前新区整个工作机制和流程保留了较多原有的行政层级机制，新区管委会仍以上报统计信息和接收文件为主，缺乏具体职能分工。尽管福州新区范围内的相关行政区也已在2017年8月分别组建成立了福州新区福清功能区、长乐功能区、仓山功能区、江阴港城经济区管委会等，但各功能区管委会管理权限比较有限，目前还只停留在协调服务的管理职能上，并主要集中在土地开发、招商引资、设施建造等工作上，而缺乏项目立项、规划报建、土地审批等相应的管理职能，新区的开发功能、经济功能和创新功能都被淹没在繁杂的协调服务和社会事务中。
因此，必须进一步强化福州新区管委会的行政职能，强化其独立运行的职权和职能，赋予福州新区管委会更大自主权，实现新区党工委与管委会强有力的领导。为此建议：
1.加快研究制定《福州新区管理条例》，明确福州新区的行政主体地位。行政管理的良性运转需要法律的授权。目前国务院批复设立的19个国家级新区中，已有10个新区已经制定条例或正在启动条例的立法程序，其他新区的立法工作也均已开展。为进一步理顺行政管理体制，保障新区改革发展措施的落实，加快新区开发建设，在目前国家尚未就国家级新区进行统一立法前，建议借鉴其他新区的成功经验和做法，尽快研究制定并出台《福州新区管理条例》，由福建省人大批准施行，以地方性法规的形式对福州新区管委会及有关机构进行授权，明确福州新区的行政主体地位，制定福州新区管委会权力清单，赋予福州新区改革先行先试自主权和相应的法律依据。
2.进一步注重提升新区的“经济势能”。尽管福建省政府已经向福州新区下放了121项省级经济管理权限来支持福州新区建设，但由于福州新区管委会是市政府的派出机构，不具备法人资格，缺乏相应行政职能，没有一定的行政审批权限，新区向上争取项目、资金，仍然需要通过相关县（市）区和福州市有关职能部门的审批后才能向省一级报批，容易导致新区项目多头管理，审批环节过多，审批程序复杂，服务效率低下。因此，必须进一步明确福州新区管委会的独特作用，全面赋予福州新区管委会在投资项目建设、外商投资项目立项、城市建设等方面的审批、核准、备案和管理权等方面更大的自主发展和改革创新权，实现“新区的事新区办”。
3.进一步强化新区管委会的组织领导职能。建立统一、权威、高效的新区体制机制和运行机制，既要发挥好统一组织管理的领导职责，又要强化对属地经济发展、生态环境等的统一管理和监督责任。福州新区管委会成立后，主要承担新区的规划和协调职能，专门负责新区的规划、产业布局和基础设施建设等，增强了统筹的力度，但是，由于各功能区依旧相对独立，各自为政，各功能区各自开发的格局并没有改变，导致新区规划难以统一，不能有效合理配置资源，甚至存在一定的无序竞争和重复建设。因此，要进一步加强福州新区管委会在政策、规划、统计、宣传等方面的统筹职能，进一步发挥其在发展规划的制定、产业布局的统筹、基础设施建设的推动以及重大问题的协调处理等方面的重要作用。同时，要逐步授予有关行政审批事项及执法、处罚责权等方面的职能，从而逐步扩大福州新区管委会直接行使的行政权力。