（一）两役之弊病
布解与北运白粮役属民收民解，是松江府的“上上役”，因此在施行之初考虑的比较周密，两役均编“有贴解银，有雇船水脚银，有起驳车脚银，有舂办折耗米，有夫船工食米”，并且所制定的与解运相关的细则与规定也能被较好地遵循，充役者尚能承担。随着明代中后期赋役制度的变革，加之政治的腐化与吏制的败坏，两役弊病丛生。
1、官府在解户的佥派上放富差贫
松江府三县布解一役，每年解户八名，华亭县四名，上海县三名，青浦县一名。北运白粮解户，每年五十六名，华亭二十八人，上海县一十八人，青浦县十名。解户是照地亩签差，均以大户充布解、粮解，规定官布解户 “田余二千亩、家累巨万金者承之”。北运白粮的编佥田亩数虽无明确记载，但可以想见其数必不会低于前者。而在实际的佥派中，大户夤缘祈免，则以中人下户承充，往往产尽而身随之斃。大户如不幸被编佥，则雇人包揽代解。官府在大役的佥派上，本应对承役者验明正身，真正做到以殷实大户充役，但由于官吏的贪污腐化与不作为，使得佥派原则不能够得到真正的落实，累及中人下户来承担重役。
2、征收的不足额与解运相关费用的迟发重扣
（1）征收的不足额
首先需要指出的是官布与白粮的征收略有差别，白粮一直是以征收实物为主要形式；而官布的征收则是以明中叶为分界点，在明中叶以前是征收实物布匹，明中叶以后随着役法改革，以及白银货币化的趋势，在布匹的征收形式上改为解户领价银投布行收布。
在官布的征收上，由于明中叶以后，征收形式变为官府将粗、细布折算成银征收，并将价银发于解户，而后解户将银投于布行，再由布行进行采办，之后布匹交由解户运输。与最初的征收形式相比，不再是布行直接向机户收布，变成官府征收银两———解户领银投布行———布行以银易布的多层关系，征收布匹的中间环节增多，容易滋生弊端。布价银往往是迟发重扣，解户得先行垫付，待买布后再给银。最后所给银两只有十之六七，甚至一半都不到。由于官布征收的不足额，从而导致在实际官布的解运上，细布全解，粗布实不能全完，万历年间华亭县《免加辽饷榜谕》中提到：“粗布向以民欠解不及法，今细布之全解者存其实”，“该县计粗布缓于细布，虽编而未尽解，故其垫贴名编实欠”，以粗布所编正银和垫贴银“抵补辽饷，免其加编”。在白粮的征收上，存在着白粮与漕粮的征派苦乐不均，由于漕军之争兑，总书作弊，白粮往往“专派荒区荒啚”，加之顽户不肯完纳，导致收米不足，“不能尽粮”，使得白粮不能及时起运，耽搁衍期。
（2）解运相关费用的迟发重扣
官布与白粮均编有与解运相关的费用，官布除买布价银外，又有铺垫扛解银，是在布匹起解时发与解户，用于布匹解运过程中雇船、雇人等花费，这笔银两能发放到解户手里的，比之布价银更是有限，早以被胥吏侵吞的所剩无几。万历年间，将松江府阔白三梭布内改织黄丝二线、三线布，并加编银两，“御用三线细布每匹加银二钱，内府赏赍二线布，每匹加银一钱，此项每以事后编征，不入当年会计，遂多展转乾没，而小民不敢言”，即在细布（即阔白三梭布）改织后解户无疑负担更重，要贴补更多的银两去买布。与官布一样，白粮亦编有车船水脚银，只不过白粮解运的相关费用比官布要更高。在白粮的相关解运费用征收上，是先尽本户，“其余银两自十二月至正月即尽数一并与之”，虽有追比期限，但不能尽完。因此“车水脚银等常苦征纳不前，或有迟误不发”，即使收齐，又要“解银至部运衙门”，银两“又不全给，半留上鞘，以待中途徐给” 。银两的缓发导致船帮开迟，解户经年守冻，不能如期上纳，以致赔费百倍。
3、解运上纳过程中的需索与科罚
官布是由解户自行雇募民船运载为主，有过短暂的随北运官船搭载运解，但仅行之一年，又编民运。而北运白粮的船支，则经历了由自雇民船—造红船（即官船）—自雇民船—造湖广江西式船支（即官船）—自雇民船这样一个变化过程。在解运上纳过程中，解户要面对的是层层盘剥与需索，从地方府、县，到沿途洪闸、关津，最终入京交纳，每一环节都有花费，名目繁多。
（1）装船起运前，两役解户首先要面对的是地方府、县胥吏的勒索。官布装船运载前，解户还要送到县、府验印，待验印完毕后，方能装船起运。这其中“催验布、催印布有例，催晒布、催布出境有例”，印布则“铺堂有例，茶房库房有例，书门皂快各有例，不则践踏及之布”。即在解户买布之后，图增一环节，从中又费一番周折与侵渔。因此，时人议“买布之后，县中验而印之，亦既足矣。府体尊严，公务纷冗，三县搬挑伺候，良费时日，似可不烦再印，足省一番周折”，在县验印即可，不要再增加解户的负担。而白粮征收到仓之后，则“杂费百生，粮衙是以粮长甘心愚弄，所费六七金矣”；“旋而赴领车水脚，吏书县总驾言陋规所费且至不赀。”
（2）沿途运输中，解户沿途过各洪闸、关津，又不免要被留难勒掯。载有官布的船支“至临清，视等私贩，强欲盘验，哀呼祈免，则任臆而罚之，至河西务，又从而罚之，京师崇文门纳筹外，又复罚之，所携余布，以备损坏，则指为夹带，而加罚之，甚或从而没入之。白粮船支过洪、闸时要雇洪夫、闸夫与挽拽，“每过一洪用银十余两，过一闸用银五六钱，所过共三洪五十余闸，而费可知矣。”白粮解户还要被船户勒诈，“每催船价及撑驾夫价计不下二百余两”，因船中白粮乃身家所系，只能“吞身忍气曲为顺从，势不得不然也”。而最所畏者，是漕军的凌虐，其将漕船撞擦运送白粮的民船，而“民船板厚，而军船板薄，微有损伤”，则百般挟诈。
（3）到京上纳时，解户又面临各项打点花费，以内官的需索留难为最甚。官布交纳内库时，有“土仪银、茶果银，有库夫验布银，甚者歇家索每匹常例使用一钱四分七厘”。如布匹被拣退，就要重复解进，每匹有赔至五六钱者。弘治六年就有解户因所解布匹送库被拣出，为了完役，不得不揭债贿嘱，至费银八九千两的。等布匹交纳完毕，要到各衙门挂号销号，时日耽搁，而本地方追比批回，家属已先系囹圄矣。而白粮上纳则要“五经科道七经内官，挂号三十二衙门，亦云琐矣烦矣。”有各种常例，“管门者有钱，把斛者有钱”，“每石费五钱者，甚至有一二两者”，如不能如期完纳，则“迟留有罪，违限有罪，京中之罪未偿，而府州县销批之罪又至”。