（一）法律方面的局限性
当前跨境电商的法律框架已初步建立，大部分相关的法律、规制和制度都是根据当前的跨境电商模式设计的，针对“区块链+跨境电商”新形态的相关法律基础基本属于空白，这将成为“区块链+跨境电商”新形态发展的重要障碍。“区块链+跨境电商”的法律缺失主要表现在几个方面：一是区块链账本中同步并向参与主体公布的记录该如何认定法律效力，其是否可作为基本权利和义务的主要依据；二是现行法律框架体系中并未明确与区块链数字资产和数字令牌相关的权利义务；三是当前《合同法》所确立的合同订立、合同修改、合同终止和合同争议的基本原则与区块链技术架构中的可自行执行的智能合约存在冲突。除此之外，传统组织机构之所以能通过编码规则运营，主要得益于智能合约的应用，但这些组织机构的法律地位以及责任承担等问题尚难明确。因此，“区块链+跨境电商”新形态的发展在法律方面还存在较大的局限性。
（二）技术方面的局限性
区块链技术正仍处于发展初期，其推广应用还面临着诸多的技术瓶颈，主要表现在以下几个方面：一是现有的数据处理和存储规模不足以支撑区块链技术的需求。区块链数据库几乎记录了每笔交易所有环节的数据信息，随着大数据和云计算等在跨境电商领域的应用，买卖双方及监管部门所产生的数据量也将快速增长，使得区块链数据库承载的交易数据信息也越来越多，将对系统处理和存储能力提出更高的要求。二是区块链技术方案的多样性以及新旧系统共存性势必会带来技术标准化和互联互通等问题。当前，区块链技术还未形成统一的标准，这将不利于降低应用和整合成本、不利于实现不同系统的互联互通、不利于区块链系统构建与访问方式的一致性。三是区块链系统安全问题不容忽视。通过对数据区块信息和用户ID的观察和追踪，可获取用户个人信息，由此，区块链技术在跨境电商领域的应用面临着买家和卖家个人隐私被泄露的风险。基于区块链算法的安全性，区块链数据信息理论上只有在一半以上的节点用户同时遭到黑客攻破的情况下才存在泄漏或篡改的可能，但随着密码学、数学和计算技术的不断进步，破解区块链算法存在较大的可能，将成为“区块链+跨境电商”发展的安全隐患。
（三）商业方面的局限性
目前，区块链技术在金融领域得到了较广泛的推广应用，而在其他领域的应用实践还不多，特别是在跨境电商领域的应用非常有限，这一定程度上源于商业的局限性。一方面，区块链技术在跨境电商领域的大规模推广应用急需解决网络外部性问题。所谓网络外部性就是指每新增一网络用户可提升现有用户的效益，参与者的数量规模直接影响到应用者的实际收益。当前跨境电商中采用区块链技术的参与者非常有限，其商业价值受到限制。另一方面，区块链技术在跨境电商中的应用需要对成本与收益进行商业考量。比如，如何选定恰当的商业模式和应用场景，以实现潜在收益与投资成本之间的平衡；对比现有的技术，区块链技术在跨境电商中的应用是否有比较优势；这些商业考量至今未得到满意的答案，从而影响到区块链技术在跨境电商领域的推广应用。