清王朝前期一直秉承“量入为出”的财政思想和“滋生人丁，永不加赋”的祖制。太平天国起义爆发后，清王朝财政日益捉襟见肘，被迫采取田赋加征，盐斤加价等手段筹措军饷，百姓负担日益严重，抗捐、抗赋运动此起彼伏。巨额的财政支出，迫使清王朝千方百计增加收入，部分官僚士大夫的财政思想逐渐开始由“量入为出”向“量出为入”转变。

伴随着中国关税主权的逐步丧失，一些有识之士提出了关税自主，收回利权。第二次鸦片战争后，依据条约，签约列强商品进入国内普遍实行值百抽五的超低税率，且运销内地的子口税率仅为规定进出口税率的一半，加之外洋商品货美价廉，而华商货物则逢卡抽厘，负担沉重，失去了与洋货竞争的能力。郑观应主张“为今之计，不如裁撤厘金，加增关税，共贩运别口者仍纳半税，华洋一律征收。则洋人无以藉口，华商不至向隅，似亦收回利权之要道也。” 

冯桂芬在其名著《校邠庐抗议》中也提出了若干财政主张。具体可以概括为筹国用、节经费、杜亏空、裁屯田、利淮盐、罢关征等七个具体问题。主张利用市场经济手段，解决漕运、土贡、淮盐等行政体制之下的积弊；运用行政手段，合理干预经济运行，撤销国内关卡，统一度量衡，节省皇室与八旗兵丁开支，裁撤屯田；杜绝亏空积弊，加征酒税，抑制过度消费。其中的一些观点至今看来仍有不少可取之处。

太平天国农民起义浪潮之后，清王朝虽然采取了一些措施加强统治，收买人心，但吏制却更加腐败。时人赵烈人在日记中有所记载“到龚孝拱处久谈，言恭邸颇黩货，胜保在时，曾以二万金为献，误投惠王府，旗人凡赠要津，例不具函。惠王遂欣然纳之，而召醇王与之万金，曰，此非吾辈所有，至则受之，何用辞让，醇亦大喜……宫中近传索金珠翠玉甚众，广储司库银堆积不动，相传留为仓皇奔徙之用，外人逼处肘腋者，动息皆知之，不之避也。”满洲皇亲贵胄尚且如此，各级大小官员的廉洁与操守也就可想而知了。

工商业税收的比重增加与传统农业税比重的减少，反映了传统封建经济的逐步解体与近代资本主义工商业逐步兴起的过程。虽然官办的洋务企业占了当时企业的很大比重，但是毕竟民族资本主义企业在沿海沿江通商口岸开始出现。厘金捐纳等封建性税收一方面显示出社会经济的发展，国家税源的增加。另一方面显示出清廷财政税收制度的滞后性，遍设关卡，画地为牢，虽然一时解决了政府的财政收入，但不利于社会经济的长期稳定发展，后果无疑于杀鸡取卵。

天平天国起义中清王朝财权下移与其自身的财政体制也不无关系。清朝前期只有国家税，没有中央税与地方税的划分，所有地丁、漕粮、盐课等税款由中央委托地方征收。地方按照中央指令，存留部分地方行政开支经费后，余款或解往京师，或协拨临省。从税款征收角度看，所有税款属于地方税；而从税款管理角度看，所有税款属于中央税，这样便产生了管理权与征收权和中央地方享有税款比例分成之间的矛盾。在承平之日这种体制还能大体维持，各地农民起义风起云涌之时，各地领兵的督抚大员为了本地利益几乎无不欠解京饷，甚至截留通过本地的款项以充军饷，不受户部制约的外销制度更呈愈演愈烈之势。以往的钱粮奏销制度因为战事而难以为继，仅以太平天国运动之后的奏销案为例，因为迁延日久与防范书吏借此勒索而使将士寒心，数额巨大的奏销也仅奏明存案，不了了之。

“解协饷制度是清代整个财政体系运作的中心环节……而只有通过解协款制度的运作，才能实现中央政府对全国财政资源的控制和分配，保证财政收支的平衡。” 而太平天国运动中，各地督抚无不截留京饷充做本省军饷，对临省协饷大多置若罔应。解协饷制度的逐步瓦解标志着清政府对各地财政收支调控能力的逐步丧失。

随着清朝后期中央集权财政体制地逐步瓦解，实际上形成了中央与各省两级财政，而且财政收支的重心在地方而不在中央，也就是说，财政大权逐步落到了地方督抚手中。统兵之权与财税之利的互相结合，地方督抚的独立性与离心力越来越大。“东南互保”中南方总督公然抗拒清廷对外宣战上谕，武昌首义之后各省独立风潮风起云涌，民国时期军阀割据混战均接踵而至。

清廷虽吸取明亡教训，设立内务府，将皇室财政与国家财政予以分离。但在封建君主专制统治之下，“普天之下，莫非王土”，缺少类似英国《大宪章》之类法律对至高无上皇权的制约，以致咸同以降内务府借支户部事件屡有发生，最典型的事例便是西太后挪用海军经费兴建园囿，使户部不胜其扰。

而与此同时的欧美日各国纷纷取消国内关卡，统一货币度量衡，保护民族工商业，积极发展对外贸易，增加国家税收，鼓励科技发明创造，大力发展各层次教育。中国虽然经历了两次鸦片战争，但在“中体西用”思想指引之下，只是有限度地引入西方科学技术知识，遵循祖制，与西方发达国家的距离反而越来越大。直至宣统年间清廷改户部为度支部，在中央设立清理财政处，在各省分设清理财政局，编订各省财政说明书并试办宣统三年预算，还未等到次年的决算出炉，清王朝便寿终正寝了。