1、 学籍、学业成绩档案材料。学籍方面为入学登记表、学籍异动（延期、休学、复学、退学）审批表、毕业登记表等；学业方面包括初试、复试成绩表，研究生的课程学习成绩表、教学实习实践成绩鉴定表等，可由研究生学院保存。
2、 住院医师规范化培训档案。涵盖临床实践、培训和考核等多个方面。根据口腔专科或全科轮转培训计划，按照《住院医师轮转培训考核登记表》的考核项目进行出科考核，研究生填写自我鉴定后上交科室，科主任及带教老师根据研究生在本科室培训学习情况进行科室出科考核鉴定，填写科室意见，由科主任按照研究生培养安排交由下个科室保管。轮转（或专业科室）结束后，由专业硕士研究生所轮的最后一个科室科主任将已填好的《档案》上交医务科，由住院医师规范化培训考核指导小组核实《档案》记录情况，在《轮转（专业科室）阶段性考核表》上评分，审核通过授予《住院医师规范化培训合格证》，由规培基地暂保存。
3、 学位论文与学位申请审批材料。是研究生在校阶段科研成果的重要记录。研究生的开题报告、中期考核、论文数据记录本是论文撰写的重要支撑材料；学位论文、学位论文评阅情况汇总表（内审、外审）、学位论文评阅书是答辩前基础；学位论文答辩审批表、答辩会议记录、学位论文答辩委员会选票、学科学位评定委员会选票等是学位申请的必要条件；学位申请审批书。这部分材料由医学院或口腔医学院收集汇总，上交研究生学院保存。
4、 党团、奖惩及其他材料。为入党申请书等党员材料、各级各类研究生奖学金申请审批表、学生违规违纪的处理决定、各级各类资格证书的申请审批材料等。由医学院收集汇总，上交研究生学院保存。