在近代反宗教的背景之下，撕除“迷信”标签的动机则发展了当代中国宗教研究的理论。“中国宗教到底具不具有一个完整有机的系统？”是近代以来中国宗教研究者一直致力解决的问题之一。杨庆堃之名著《中国社会中的宗教》便被不少研究者认为该书的写作初衷便是为了通过对中国宗教进行系统化的阐释，从而回应许多西方学者观念里中国宗教是迷信的观点。杨庆堃自己也指出：
“西方的基督教认为除上帝外信神信鬼事迷信，所以一些信西方的人便说中国无宗教，有的只是迷信。
可是当我们环顾四周，庙堂、蟠塔、寺庵处处都是。我们能视而不见吗？我们能说这些不是宗教吗？我们能指为迷信而不加考虑吗？不能的！中国有宗教，只是中国宗教的形式和西方有分别而已。”
杨氏的影响不仅是提出了“institutional religion”与“diffuse religion”这对概念，更多的则是其著《中国社会中的宗教》开启了对中国宗教经验进行系统化阐释的视角。这深刻影响了弗里德曼、王斯福等人理解宗教在传统中国的结构性地位。 由此，在宗教的研究中某种宗教是否具有一个可被整体理解的系统，与它是否是迷信具有密切关系。
在宗教研究上破除“迷信”的路径便是建构对中国宗教系统化的诠释。而这种整体上的“非迷信”诠释动机首先便体现在民间信仰的领域中。民间的宗教信仰和宗教活动不仅在中国传统内长期被儒家士大夫鄙夷，并且在明末耶稣会来华之后，仍受到了耶稣会士的强烈批判。在这两种传统作用下，使得民间的宗教活动一直被当做“鬼事”、“淫祀”、“迷信”。
在此背景下，张志刚以“原生态的宗教-文化现象群”为关键词强调了对于民间信仰“非迷信”的信仰内容及实践。“原生态”旨在回应传统学界用含有落后意义的“原始”一词形容民间信仰，而“宗教-文化”则意在于将民间信仰纳入“宗教性文化”的研究范畴，并且以“现象群”体现民间信仰的多重性与复杂性。 陈进国认为中国各道门（教门）均以“救劫”，“济度”为主旨，这使我们可以用家族相似性去整体性地理解中国民间宗教。 李天纲则认为“民间宗教”这一概念本身就是从耶稣会士利玛窦来华之后由“迷信”逐步转化而来的现代概念，以至于虽然“民间宗教”在现代已经成为了一个既定的术语，但是依然需要反思“民间宗教”作为迷信的贬义来源。 民间层面的祭祀自有其体系：不仅对于祭祀对象具有秩序化、系统化的编排。而且祭祀活动本身也具有内在的逻辑和秩序。这都体现出民间信仰的理性化倾向。
在道教方面，程乐松认为道教的“纷繁”与“不经”的两个特点使得道教在近代以来一直被批判为“迷信”和“愚昧”。这是由于道教独特的神秘主义特征以及其封闭性决定的。一方面，道教自身独特的神秘主义气质，道教经典在道教信仰中的地位要次于个人的神秘体验与师徒盟约。另一方面，道教封闭式的神秘主义修炼也与大众需求的信仰服务具有张力，这使得道教经典无法有效诠释道教信徒的信仰实践。并且在为大众提供宗教服务时，神秘主义特色使得道教信仰并不诉诸于表达，服务的接受者则更在意道教的“科仪”并且需要得到效验，这使得道教的信仰内涵在社会生活中被逐步消解。所以当代的道教研究则应寻求一种新的“一体化”的诠释方法以建构对道教“内在一惯性”的诠释，从而摆脱此种认为道教是“愚昧”、“迷信”的批判。
在儒教方面，当代儒教的理论建构与迷信的关系则更加复杂。儒教在近代与“宗教”概念相遇之后，发生了诸多的争论。 在这些争论中反“封建”、反“迷信”则是共识性的问题意识，而诸学者对于“宗教”与“教化”、“儒家”与“封建”、“宗教”与“迷信”三组关系的不同观点导致了错综复杂的儒教争论。“儒教是不是宗教？”扎根于宗教概念问题。这一问题的背后则深刻体现了诸学者对于“宗教”与“迷信”关系问题的不同思维。如任继愈在一种否定宗教价值的语境下认定儒家是宗教；陈明的公民宗教说与蒋庆的国教说，则将“儒家是宗教”这一命题认定为具有进步意义的当代建构。方朝晖则肯认儒家，而怀疑宗教在当代中国社会中的角色。
综上，迷信一直充当诸宗教研究者建构与研究现代宗教理论的特殊思考维度与参照概念，重述宗教与迷信、宗教与现代性关系成为宗教研究领域共同的问题意识。近代到当代，从“迷信”到非“迷信”的思维转换贯穿了中国宗教学的建立与发展。