（一）指标的选取
农业高质量发展直接关乎农业、农村、农民的发展，是一个经济、社会与自然和谐发展的复杂系统，系统内各个环节、方面不协调将直接影响到农业发展的质量，因此，农业高质量发展评价应该综合考虑将社会、经济及生态等各个方面，但是仍有侧重，农业发展作为重点，同时推动农村社会发展，全方位提升农民幸福感和获得感。指标选取上综合利用理论分析法、频度分析法、专家咨询法对指标进行动态调整、筛选。
1、农业投入水平
农业投入和资源要素等是直接影响农产品质量的重要因素，为农业高质量发展提供基础保障，农业投入数量、质量和结构是否合理直接影响到农业生产效率和效益。农业投入水平主要考虑到人力资本、技术、土地、财政等方面投入绝对水平和质量，高质量、高效率的投入是确保高质量发展的前提和内在要求，为确保农业稳定、高效发展提供适宜的物质、技术条件。具体可由有效灌溉率、单位面积机械总动力、劳均耕地面积、劳均财政支农投入、农户基础设施投资、节水灌溉面积占灌溉面积比重，农业科技人员比重等7个指标来反映。
2、农业产出水平
农业产出水平直接能够反映农业发展质量的高低和成效，产出水平不仅仅能够反映出农业发展的数量上绝对水平，更能够考察投入要素的效率和效益，衡量出农业产业结构的优化调整。在旧有模式下农业经济增长主要依赖于大规模的资源要素投入，通过资源要素量的积累实现经济数量增高，但却忽略了经济高质量发展的要素合理配置问题，导致的后果就是农业发展过程中资源要素投入产出效率低下，资源要素没有得到合理配置。新时代农业高质量发展要求提质增效，提高农业生产资源要素利用效率，全面提升农业生产要素经济效益，实现集约式发展。具体可由土地产出率、劳均粮食产量、成本收益率、农业固定资产投资回报率、单位用水量粮食产量及农林牧渔服务业产值占农业产值的比重等6个指标来衡量。
3、农业经济系统稳定性
经济增长稳定是一个国家、地区乃至全球经济增长的基本前提，是经济高质量发展的具体体现[ 魏敏,李书昊.新时代中国经济高质量发展水平的测度研究[J]. 数量经济技术经济研究,2018(11):3-20.]。农业经济系统稳定性也是衡量高质量发展的一个关键因素，系统缺乏稳定性农业经济发展就不会长远和稳固，就表明农业发展在某些方面还存在不协调、不完善的问题，导致农业经济发展面临的不确定性就会增加，增加农业经济发展的风险。然而，目前中国经济增长稳定性程度有待提升，2016年和2017年，我国农业生产资料价格指数较上年分别增长0.1%和0.6%，变化较为稳定，表明生产资料价格比较稳定，农民购置生产资料成本没有明显增加，有助于农民收入的稳定；然而农产品生产价格指数变化幅度较大，2013年环比指数为103.2%，2014年则降为99.8%，2016年达到103.4%，2017年则明显下滑至96.5%，波动比较明显。农产品价格是农业发展中起到“风向”作用的关键点，也是农户决策的重要风向标，稳定的价格有助于农户形成良好的预期，有利于农户农业生产决策。因此，通过对农产品市场机制的调整，完善完善农产品价格形成机制，可以有效的推进农业由量到质的改变。农业产值主要由价格和产量两方面决定，产量稳定也是农业经济系统稳定性考量的一个方面。产量的稳定有助于准确对未来农业发展作出预测，有利于保障国家粮食安全，确保国内农产品有效供给。农业经济系统稳定性主要从生产资料价格波动、产量稳定性和农产品价格波动三方面来考察。
4、农村社会发展水平
农业高质量发展的最终目的是实现人的生存与发展，因此必须将人置于农业高质量发展的最高位置，使农业经营主体享受农业高质量发展成果，提高农民生活幸福程度，推动农村社会发展。因此，农业高质量发展不能仅考虑农业产业本身发展的质量，还应该关注农村社会的发展，农村社会发展水平的高低能够直接反映出农民是否切实分享到农业高质量发展带来的成果。农业高质量发展的最终目的是实现人的生存与发展，必须将农民的利益置于农业高质量发展的最高位置，充分改善农民生活环境和生活质量，提高农民幸福感和获得感。具体可由农民家庭经营收入、农村恩格尔系数、农民消费水平和城镇化水平等四个指标来衡量。
5、区域协调共享
协调是农业经济持续健康发展的内在要求，区域协调发展有助于国家整个农业系统效能的充分发挥。改革开放以来，我国农业和农村发展均发生翻天覆地的变化，农业经济稳步增长，粮食综合生产能力逐渐提升，农村面貌也焕然一新，农民生活质量越来越高，小康社会稳步推进。但是仍存在不协调的地方，比如城乡发展之间、产业之间、区域之间等，成为制约我国农业高质量发展的瓶颈。共享是中国特色社会主义的本质要求，是造福人民群众、赢得人民群众的根本法宝。新时代推动农业高质量发展必须重视“协调”和“共享”发展理念，确保不同区域农业高质量发展同时充分分享农业高质量发展的成果，逐步缩小城乡、区域间的收入和消费差距，全面提升农民生活质量，调动农民生产积极性，为保障农业高质量发展提供动力支撑。区域协调共享方面具体可由地区收入共享水平、地区消费共享水平和城乡收入协调水平等三个指标来衡量。
6、生态文明建设
农业发展受资源环境约束比较明显，尤其是耕地资源和水资源，当前资源环境约束日益趋紧，成为我国农业高质量发展的硬性制约条件。过去为了追求高产量，农业化肥、农药、农膜等使用量过大，工业化快速推进造成的面源污染问题日益突出，造成耕地质量下降，土地肥力受限，农业生态环境问题与受到农业高质量发展要求严峻挑战。新时代农业高质量发展就是要改变过去高投入、高消耗的发展方式，必须重视生态文明建设，倡导绿色发展和低碳发展模式，降低农业污染和不安全因素，减轻对农业生态环境压力，提高农产品品质。生态文明建设方面具体可由人均水资源量、化肥使用强度、农药使用强度、农用薄膜使用强度、森林覆盖率等五个指标来衡量。