第二课堂活动与大学生“四自”能力之间关系密切，两者之间是相互区分，相互依存，相互促进的关系。
首先，两者相互区分。第二课堂活动以育人和提高学生的综合素质为目标，以培育学生的基本能力和专业素养为重点，以丰富的社会资源和空间拓展为形式来进行的开放性教育活动，是培育大学生综合能力的重要载体；大学生“四自”能力则是指大学生通过四年的在校学习生活，最终形成的内化于心的综合素养，有利于大学生保持积极乐观的心态，坦然面对生活中的挫折和困难，是高校育人工作的重要体现。
其次，两者相互依存。习总书记在全国教育大会上强调，要培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人。大学生在校期间除了要掌握好专业知识以外，还要实现德智体美劳全面发展，而丰富多彩的第二课堂活动则为其实现这些目标提供了良好的渠道，而且也是最便捷、最经济、最安全、最有效的途径。通过各种思想引领类活动，培育大学生家国情怀，增强对党和国家的信仰，树立远大理想，将自我融入国家建设中，实现自我教育；通过各类素质拓展活动，展现自我，培养兴趣爱好，增强实践能力，激发创新精神，投身志愿服务，实现自我管理，自我服务，自我监督；通过权益服务类活动，主动维护青年学生的合法权益，在服务他人过程中实现自我服务；通过组织提升管理，推动学生组织主动自我革新，培育优良团学干部队伍，实现自我管理，自我监督。“四自”能力的培育是高校第二课堂活动的目的所在，高校共青团的主要职责是服务广大青年学生，为其健康成长成才提供丰富多彩的锻炼机会，进而为我国培养合格的社会主义事业建设者和接班人。因此，高校开展丰富多彩的第二课堂活动与培育大学生的“四自”能力密不可分,不可拆开而论，否则，都是不全面的。
最后，两者相互促进。大学生既是第二课堂活动的主体，又是第二课堂活动的客体，也是“四自”能力的培育对象，两者之间相互促进。丰富多彩、质量较高的第二课堂活动，可以有效地培育和提升大学生的“四自”能力，促进学生全面成长成才；同时，通过参加第二课堂活动，“四自”能力培育较好的大学生，可以从第二课堂活动的客体转变为第二课堂活动的主体，担任学生组织负责人，创新工作方式方法，推动举办更多高质量的第二课堂活动的，两者相互促进，相互提升。