1.机关党组织功能弱化、监督考核体制不健全
高校机关党组织是由二级党委、党总支部和各有关行政职能部门组成，其基层支部数量多，涵盖组织、宣传、学工、财务、资产等各职能部门，处于学校工作的中心位置。为确保高校各项工作落实全面从严治党，须发挥机关党组织在二级院系基层党组织中的政治核心地位，起到“走在前，做表率”的引领示范作用。然而目前机关党建依然存在党内政治生活不够规范，党组织功能弱化等问题，造成了党建与业务工作相分离，“重业务、轻党建”和“灯下黑”等现象。究其原因，可归结为以下两个方面：一是部分党员干部、群众未能充分认识到党建工作在业务工作中的重要作用和特殊地位，认为党建工作与业务工作缺乏关联性，党建工作是“软业务”，业务工作才是“硬指标”。业务工作是机关部门考核的重点指标，是关乎个人职业升迁的重要政绩依据，过多的投入党建工作，必然会影响业务工作的开展，从而出现“本末倒置”。二是缺乏有效的监督考核机制，目前高校机关党组织对各党支部的考核多以定性为主，缺少对党建工作内容及开展效果的量化考核，在年终部门工作考核及职称评定考核中，党建工作考核也多是虚指标，缺乏与业务工作的关联性，出现考核指标向业务指标一边倒的现象。进而导致党建工作内在驱动力不足，不利于激励和推动机关党建工作的开展。
2.党建活动形式化，党建、业务工作相脱离
高校机关党支部存在支部数量多，涵盖职能范围广，业务工作特性差异大的特点。然而目前高校机关党建工作多流于形式，不同业务部门党建活动形式雷同，很多只是为完成上级部署的规定任务，对于党和国家的方针政策的口头宣传或政治学习。党建活动有时不能够针对学院学科属性或机关业务特性进行有的放矢的开展，找不到与业务工作的契合点和突破口。党建工作人员对党建工作与业务工作有机融合的载体缺少设计，不能结合本部门业务工作的特性来开展党建工作。党建活动缺少品牌效应则导致党建工作边缘化，不能充分激发基层党组织凝聚力和创造力，进而起不到对业务工作的推动作用，也就进一步加剧了党建工作和业务工作“两张皮”的局面。只有树立跳出党建抓党建，融入中心抓党建，找到党建工作和业务工作的契合点，选择定位准确、载体鲜明的党建活动才能真正实现党建活动和业务活动的有机融合，真正实现抓党建促发展的最终目的。
3.党建形式陈旧、僵化，与新媒体结合力度不够
目前在党建工作的开展过程中，还存在党建工作形式内容僵化的现象，不能有效利用新媒体创新党建活动的形式，与新媒体有效结合力度不够。党建工作的开展多倚靠传统的思想政治教育工作，注重传达文件和会议内容。很多党员及党务工作者错误的认为党内活动就是每周三下午大家集中一起读文件、念报纸这些脱离实际的传统样式。一味的传达文件和会议精神，不能与时俱进的对当前思想政治教育工作的特点进行有效把握，很多党员对内容浅显的组织生活会也难以提起兴趣，进而不能很好的发挥思想政治教育的实际作用。
4.高校机关党支部差异明显，党建、业务难融合
高校机关党支部不同于二级院系党支部，二级院系人员多，党支部可以以院系为单位进行划分，支部成员分工、职责、学科方向等较为一致。党建活动可以有效的根据二级院系的学科属性进行分类指导，建立品牌党建活动从而指导科研工作。然而，机关各职能部门分工、职责、党员人数差异化明显，有些党支部涵盖了多个业务特性差异大的部门，这就导致了党建工作开展复杂多样，无法结合各部门的业务特点进行分类指导，制定办法，细化措施，进而导致了党建工作与业务工作结合不紧密，思想政治工作实效性不强，党建工作对业务工作的推进作用成效不明显。
5.党领导班子兼职化，缺少专业人士
党支部领导班子兼职化现象较普遍。一些高校没有设置固定的基层党组织岗位、没有规定的干部职数，基层党务干部存在兼职多、专职少的现象。机关党支部委员也多是支部班子成员讨论的结果，未必都熟悉党建业务，对国家政策方针和学习文件可能也是一知半解，由此可能导致党建工作无法拿出针对性的工作措施，找不到紧贴中心、服务大局的结合点，进而无法实现党建、业务的良性互动。另一方面，面对繁重的业务工作，他们没有过多的时间和精力来兼顾党务工作，进一步导致支部党建与思想政治工作同业务工作分离的“两张皮”现象的出现。