根据国家政策要求，结合现行的相对灵活的基本支出预算加项目支出预算的教育经费核拨模式要求，我国高校正在逐步推进预算体制改革，由传统的“重规模，轻效益”向预算绩效管理模式进行转变，但受传统预算管理观念的影响，很多高校在预算绩效管理过程中仍存在着较多的问题。
（一）预算编制目标导向不明确
我国大多数高校的预算表现为简单的资金流量控制，预算申请时通常采用“增量预算”即“基数+调整”模式，经费使用部门为抢占经费，申请预算金额时通常较“虚”，与实际需求相比差距较大，各部门在预算编制时对日常性事务考虑较多，对结合学校发展规划统筹编制预算考虑较少。
当前，我国高校下年度的预算编制工作通常安排在上年末进行，预算编制时间上的前瞻性使预算申请部门不能充分统筹下年度的工作任务，只在临近预算编制申报时，才仓促准备申报项目，未进行充分的调研、论证，导致部门申请的预算只是浮于表面、流于形式，其中的设备购置清单、技术指标参数等都不细化，甚至不准确，给项目后期的有效实施埋下了隐患，导致预算正式批复时经费的核减率较大，预算编制的科学性和合理性不足，目标导向不明确，使预算编制工作失去了其严肃性和有效性。
（二）预算执行过程监管不到位
预算绩效管理是事前、事中和事后相结合的全过程监督评价，通过以绩效为核心使预算绩效管理形成一个闭环，每一个环节是下一个环节的连续，实现全过程动态管理。
当前，高校的预算管理普遍存在着“重申报、轻执行”现象，而对预算执行的过程监管不到位。一是编制预算时项目主管部门与预算申请部门之间的沟通协商机制不健全，主动交流沟通意识薄弱，导致出现问题不能及时解决；二是预算执行时，项目承担单位只是机械化按照编制好的预算计划进行执行，导致执行过程中出现项目执行进度缓慢、预算执行与预算编制不符、政府采购与实际支出脱节等问题；三是预算控制时，学校预算主管部门对项目的跟踪监控力度不够，甚至出现不管不问的现象，导致项目承担单位随意更改项目支出范围和执行进度，执行项目没有时间计划，甚至是想起来就实施，想不起来就搁置，造成了年终突击花钱、超预算花钱的现象出现，使预算执行偏离了预先轨道，又得不到及时调整，导致“花钱不问效”的现象屡屡发生。
（三）预算评价指标体系不健全
绩效评价指标是衡量绩效目标实现程度的考核工具，通过构建高校预算绩效指标体系，有利于解决高校投入和教育事业发展需求之间的矛盾。
预算评价指标体系不健全是高校绩效预算管理中存在的主要问题，而借鉴财政部门指定的绩效评价指标又太笼统，因此高校在具体进行预算评价时，还需结合自身实际，进行有针对性的指标体系设计。 然而目前，大部分高校还没有建立起有效的预算评价指标体系，或者设计的预算评价指标只关注资金指标，忽视资金使用之后的效益，开展预算绩效评价时，评价指标主要是共性指标，对一些分类别、分项目的个性化评价指标设计不到位，导致评价指标不能准确反映建设项目的实际情况和取得的效益。
（四）预算评价结果应用不深入
预算考核的目的是反馈结果，指导预算编制，形成预算绩效管理的闭环，将预算反馈结果纳入预算编制的全过程，对科学、合理编制预算，提高经费执行效果具有重要的导向作用。
当前，预算评价结果应用不深入主要体现在两方面。一是高校预算评价结果的指导作用不足，预算执行的好坏与拨付资金多少之间无直接联系，导致预算申请部门应用绩效考核结果解决预算编制、执行过程中存在问题及适时调整相关管理制度的主观能动性不足；二是预算评价结果的应用效果欠缺，很多高校未建立与预算反馈结果相挂钩的奖罚机制，对预算执行不力、预算目标不达标的项目承担单位或项目负责人的问责机制欠缺，使得“花钱必有效，无效必问责”成了一句空话，导致预算绩效评价的严肃性和有效性大打折扣。