高校预算绩效评价要坚持全面性和重点性相结合，可衡量性和可操作性相辅助的绩效指标体系，根据项目类别和建设内涵，设定共性指标和个性指标，全面系统、科学真实的对预算项目绩效进行评价，评价方式可采取项目承担单位自评或学校联合项目归口管理单位对重点建设项目进行专项稽查的方式进行。
（一）指标体系设计原则
评价指标的构建要体现统筹兼顾、分类设计、实用有效的原则，既要体现绩效预算的全过程管理，又要反映高校实际和建设项目内涵。评价指标要涵盖项目预算编制的及时性、绩效目标设计的合理性、项目管理的科学性、资金执行的有效性、项目产出的成果性和取得的效益性等，并分项设定自评分数与等级，设立共性指标和个性指标，逐步引导高校绩效预算管理向良性循环的方向发展，不断提高建设资金的使用效益。
（二）指标体系设计进展
绩效评价指标的设计是一项系统性工程，研究者在设计高校预算绩效评价指标时主要依据 “三法两制度”以及《框架》,旨在建立符合我国国情的预算绩效评价指标体系，不断规范和加强预算绩效评价工作，提高绩效评价的统一性和权威性，全面推进预算绩效管理。
国内研究人员关于高校绩效考核评价的研究始于21世纪初，为建立科学、全面的绩效评价指标体系，国内学者在高校预算绩效评价指标体系的设计方面做了诸多研究，在指标选择、权重设计、评价标准等方面取得了一定的成果，宁宏义[4]从投入层面、过程层面、产出层面、效果层面和发展层面构建了高校预算管理绩效评价指标体系，分基础层面、管理层面和指标层面共设计了38个绩效评价指标，对地方高校绩效预算管理过程进行了较为全面和系统的评价；高滢从保障运行、培养人才、科学研究和服务社会的目标出发，设计了高校财政预算绩效指标体系，细分了二级指标，在二级指标的基础上设计了30个三级指标，并对各个指标赋予了相应的权重，应用层次分析法计算高校财政预算绩效指标的重要程度，得出了人才发展、社会贡献和财务管理这三个指标相对重要的结论；王丽萍等[6]根据英国财政部对“3E”（经济性、效率性和效益性）的定义，结合高校资源“投入—产出—效果”的运营过程，提出了基于因子分析和数据包络分析的组合评价方法，实现“目标-投入-产出-效果-新目标”的良性循环，促进高校提供教育服务能力的保全和提升。