高职院校主要分为院、系两层管理层级，院级领导及计财处负责学院整体财务规划与预算审批，各系部主要负责各类行政、教学、实训工作。每年年初计财处汇总各系部支出预算计划，并参照此计划对各系部的预算执行情况进行监控。在预算执行过程中，各系部独立开展本部门各项活动，上报项目支出申请，在院级领导签字批准后即可实施，整个过程中缺乏前期立项合理性论证，中期没有必要的过程监督，在后期也没有绩效评价。造成这一现象的原因有很多，主要有一下几方面：
（一）、预算管理机构和制度建设缺失
目前高校对于预算的管理主要依据是《行政事业单位内部控制规范（试行）》中对“预算业务控制”的描述。但是由于政策宣传不到位或者学校执行与监督力度不足等多方面的原因，使得一些高职院校对于预算的管理仅停留在文件层面。而绝大部分高职院校均没有设立预算管理委员会或者是类似功能的部门，预算的审批与执行仅靠部门领导的“一支笔”。同时制度的建设也比较滞后，当下对于高校预算管理还没有一个比较全面、系统的指导性文件。
（二）、预算执行过程中的监管不到位
部门预算的审批是建立在预算合理性之上的，也就是说预算一旦开始实施，就已经默认了它的科学性和必要性。但是并不能保证预算在执行过程中不会出现偏差。以部门资产采购为例，资产的采购申请和使用均在各部门，审批权在学院的领导层，采购执行由财务和资产部门负责。若监管不到位这一过程会产生很多问题。第一，由于部门预算的编制方法比较单一，基本上都是使用增量预算的编制方式即“基数+增量”，所以不能排除各系部为了不浪费预算额度而进行重复购置，造成设备闲置和资金浪费；第二，参数的设定存在指向性，设备采购指定品牌、型号，招标文件限定投标人范围；第三，合同执行监管不到位，延迟供货的现象非常普遍，更有甚者供应商所提供的货物参数与投标文件出现明显负偏离。
（三）预算绩效评价管理缺失
预算绩效考核是预算管理过程中的重点也是难点，如何梳理绩效考核流程、怎样确立有效的绩效考核指标、以及考评结果的合理运用，都是预算绩效考核亟待解决的问题。
一些高职院校对于预算的绩效考核工作水平接近于零，即使是有制定相应的管理文件也基本仅落实在纸上或墙壁。这与高职院校预算收入类型比较单一，“重决算、轻预算”管理氛围有着直接的关系。由于高职院校预算收入主要依靠财政拨款收入，而社会捐赠和科研经费所带来的收入非常少，由此也就缺少了社会监督和科研经费专项审计这两种监管方式。各级主管部门的监督管理仅局限于对流程的合理性控制，学校内部也没有相应的预算绩效评价管理措施。