近现代初期，“科学”一词进入中国人的视野，产生中西医的碰撞，中医彼时还未被完全置于对立面。1914年新加坡名医黎伯在《神州国医学报》刊发了《概论科学不能打消神话与中医之非神话》一文，他认为中医是西医是“化学的、世界的”学问，中医是“物理的、本国的”，但又绝非荒谬、迷信之说。 同期成立的山西中医改进研究会认可中医的思想是“真理”，但与“科学”相去甚远；认为西医在很多方面完美地体现了“科学”的特征。在这种认识的影响之下，中医改进研究会确立了“阐发中医真理，参证西医科学”的宗旨。这里的“真理”是指其理论价值，彼时的“科学”多半含有通过还原方法分析的特征。总之，当时普遍的观点是“中医重理论，西医重实验”。人们坚信中医的理论价值，但也意识到与现代科学的差距是缺乏“实验”和“化学的”分析。“中医”与“科学”还是两个层次的内容，没有站在截然相反的对立面。1915年9月，陈独秀发表《敬告青年》，呼唤新民主与新科学，声讨专制与蒙昧，新文化运动自此拉开序幕。新文化运动的倡导者们认为，只有新科学和新民主，才能推动中国的政治、经济、社会、文化等方面的发展。新文化运动因而通过对中国传统文化的全面批判，为提倡西方科学与民主开辟了道路。中医作为中国传统科学文化中迷信、蒙昧的代表，位居被批判之列。其中，日本留学归来的余岩成为批判中医的急先锋。早在1916年，余岩在《灵素商兑》一书中运用西方的医学理论全面的审视和批判中医。他认为中医是非科学的，是“旧医”；而西方的医学理论是科学的，是“新医”。余岩在著作中用新旧之别取代中西之分，这种对医学的划分凸显了中西医的时代差异，但对于两者之间的地域性、民族性差异缺乏足够的重视。这种言论在新文化运动的时代背景之下被迅速放大，进一步加剧了中西医学的冲突与论争。

随着“科玄论战”的深入，中西医的论战趋于两个极端。一种是打着图强兴国的名号，主张完全接受西医；另一种是打着维护民族利益和文化传统的名号，认为西医不适应中国的国情，拒绝接受西方医学。他们采用比附的方法，认为中医的科学性毋庸置疑，中医理论当中内在包含着科学的因素，他们也运用现代医学科学的词汇和理法去阐述中医的科学性和进步性。薛复初将“阴阳”“五行”“五运”“六气”等中医概念按照现代科学逐一进行“新解”，试图找寻中医学说的科学含义。杨志一从“科学的概念入手”，论证只要是“有系统的道理，便可以说是科学的”结论。进而认为中医学“无疑是系统的”，因此是科学。