1933年6月，在国民党中央党部纪念周上，中医的拥趸陈果夫作了《医学幼稚及中医科学化必要》的报告，提出“切实研究科学，使中国医学科学化，使中国的医学用科学方法整理”。虽然存在不同的认识和争议，但伴随二十世纪三十年代的“科学化运动”的勃兴，以及陈果夫等政要名人的推动，“中医科学化”以更加主动的态势，在更为广阔的范围内开展。“中医科学化”甚至还冲破意识形态的藩篱达到了解放区。1940年，中共中央宣传部副部长兼自然科学研究院院长徐特立到八路军制药厂视察后，做出了“用科学方法改进中药，吸收中医的经验，否定其阴阳五行的神秘”的指示。同年6月，边区政府在延安召开了第一届国医代表大会，就改进中医中药进行了讨论。

但原本因回应“中医不科学”而出现“中医科学化”，并能让“废止中医”派接受和停止攻讦。余云岫批驳“中医科学化”：“不过萃古来医说，任意去取，杂以一知半解之新空论”，“是使群盲辨色,群聋审音。”随着论争的深入，对“中医科学化”关注的焦点，也从中医学术理论的“科学化”，向建立中医的制度和体制转变。中医界也一直呼吁政府在教育体制、医师管理体制当中给予中医以平等的地位，允许中医通过科学化的途径获得传承与发展。黄国材认为：“学术之改进，必先有统一之教育”；“治疗之改进，尤宜多设医院”，“政治之改进，教育部必列于系统”，“公共卫生之改进，每县设一公共卫生讲习所”。他还建议加强中医法律制度构建，建议“编成《中医学校法》、《中医医院法》、《考试中医法》、《中医卫生局法》”。1940年，时逸人提出，“卫生预防化、政治化”的观点。这些关于中医体制化的观点，扩展了“中医科学化”外延。

随着时代和认识的发展，“中医科学化”的内涵从重在外部形式上升到理论层面的要求，又进一步上升到关于科学精神的层次。人们指出，仅仅使用听诊器、消毒水等外在的医学手段，是对“科学化”的极端肤浅的认识。真正的科学化要“在精神上尊重事实、尊重证据，在方法上多多怀疑、多多试验。”1944年，郭沫若在《新华日报》发表文章《中医科学化的拟议》，认为“应该科学化的不仅是固有的‘国医’或‘中医’，就是自认为科学化了的中国‘西医’，也是非彻底再加科学化不行的。”发自西医“中医科学化”的颇有引火烧身的味道。