（一）处在中间环节上的增值税不征税项目、免税项目及增值税无法抵扣项目对增值税的特殊影响

假如增值税免税政策、不征税政策在增值税整个抵扣链条的中间环节实施，会造成整个增值税抵扣链条的断裂，其结果是不但不会使得最终消费者税负降低，反而会造成最终消费者税负增加。这就是增值税链条在中间环节断裂带来的问题。为了说明这个问题，我们举个简单的免税产品例子。假设所有增值税纳税人均为一般纳税人，税率13%。在增值税链条畅通情况下（即上游销项都可以作为下游进项进行抵扣），甲销售一批原材料给乙，不含税售价1000元，增值税额130元。乙进一步加工成成产品，以不含税价格2000元销售给丙，增值税额260元，则乙可抵扣的进项税额就是购买甲原材料的130元。丙购买乙的产品后继续加工成最终消费品销售给消费者，不含税价格3000元，增值税额390元，则丙可抵扣进项税额就是支付给乙的260元。在这个例子中，乙企业销项税260额元，进项税额130元，实际缴纳增值税130元，销售毛利为2000-1000=1000元；丙企业销项税额390，进项税额260元，实际缴纳增值税130元，销售毛利为3000-2000=1000元。从生产环节到最终消费环节，整个增值税抵扣链条是完整的。

假定国家允许对中间环节乙企业免税，将会造成什么样的后果呢？根据规定，纳税人用于免税项目购进货物或者劳务的进项税额不得从销项中抵扣。仍然沿用上面的例子，此时乙购买甲企业原材料的成本从1000元增加到1130元。由于乙企业产品免税，不需计算增值税销项。此时，乙企业为保持原1000 元的毛利，其销售价格需定为2130（1130+1000）元。这与乙企业产品征收增值税情况下的销价2260元相比价格降低了。看似增值税免税政策有降低税负及缓解物价上涨的作用。但是，考虑乙企业产品只是处在整个生产链条的中间环节，当考虑到丙企业后，情况则不一样。丙企业原来从乙购买产品的成本是2000元，进项税额260元。实现1000元毛利的含税零售价定在3390元就可。但是，乙企业实行增值税免税政策后，丙企业从乙购买原材料将无法取得可抵扣的增值税专用发票，增值税抵扣链条断裂，其成本为支付出去的全部含税价格2130元。此时，丙企业成本从2000增加为2130元，要实现1000元毛利，则不含税销售价格提高到3130元，再考虑销项税额406.9元，终端的含税零售价需定为3536.9元。因此可以看到政府对乙企业实行免税政策后，为保持丙企业销售毛利不变，消费者终端销售价格由不免税时的3390元增加到免税时3536.9元，免税政策反而导致消费者税负增加。

现实中典型例子就是财税[2012]75号中涉及的问题。该文规定：自2012年10月1日起，对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税。由于很多肉制品深加工企业需要从中间环节上的商贸企业采购鲜活肉蛋产品，文件出台后，使得很多终端的肉蛋制品深加工企业税负增加。一旦中间环节上的商贸企业免税，终端肉蛋产品深加工企业将无法抵扣之前各环节积累下来的已纳增值税额，加大原材料采购成本，最终传导至终端熟肉制品价格上涨。这正好验证了以上案例中分析的中间环节免税导致终端企业销售价格上涨的现象。

（二）避免中间环节免税或不征税项目对增值税税负增加的影响
此次改革明确此次营改增的目标就是从保证每一个行业的税负只减不增，因此，为了给最终消费者下降税负，就要避免这种由于免税或不征税产品增值税抵扣链条的断裂而造成的税负的增加。方法就是对农产品允许抵扣进行，或者是销售额中允许有扣除项目。

同样以上面的例子为例，为了避免由于给中间环节免税而造成的抵扣链条断裂进而增值税税负不降反增，我们可以通过以下两个手段来处理。

（1）允许进项税额抵扣

上面例子中中间环节乙企业为保证其利润率以2130元的价格买给丙企业，丙企业在不能抵扣的情况下，成本就为2130。而如果此时允许丙企业支出的2160抵扣进项，那么丙企业成本变为2130/（1+13%）=1884.96元。为了保证其1000元的利润不变，丙企业将以2884.96（1884.96+1000）元的不含税价格定价，价税合计金额3260元。如果面向消费者，这消费者的终端价格相比较与未免税前的价格3390元下降了130元，而下降的这130元正是由于对中间环节乙企业增值部分1000元免税造成的。因此，我们可以看出，在增值税的整个产业链条中不是不可以在中间环节给与免税，但关键在于为了保证增值税抵扣链条的完整，在给予免税后要让下游企业继续可以抵扣进项，这样才能真正的达到通过免税降低价格的目的。

（2）销售额差额征税

另外一种消除中间环节免税而带来税负增加的方法是施行差额征税。同样以上面的例子为例，丙企业以2130元的价格购买材料。如果此时税法规定针对企业购买的2130元材料可以差额征税（也即在销售额中扣除）。那么丙企业为了保证其1000元的利润应如何定价呢？现假定合理价格定价为P，则P应满足以下公式条件：

（P-2130）/（1+13%）=1000

可得P=3260

这与方法（1）得到的结果是一样的。

因此，我们可以看到，差额征税既可以把之前断裂的增值税进项弥补回来，又可以对特定行业特定环节进行免税政策补贴，并最终顺利传导至消费者，降低消费者税收负担。

综上所述，在增值税征税过程中引入差额征税，往往是由于进入这个征税环节前的一道环节中是不征、免征增值税或抵扣进项税额无法抵扣而造成的增值税抵扣链条断裂。但同时也要看到不是存在增值税链条断裂就一定引入差额征税政策。因为增值税下引入差额征税与征税环节有关，一定要看是在B2B还是在B2C环节。如果是在B2C环节，税负已经要由最终消费者承担了，就不存在为保证增值税抵扣链条完整而进行的差额征税问题了，也就没必要引入差额征税。