虽然21世纪以来重庆川剧在探索创新之路的过程中屡出精品并摘得各种国家奖项，获得了一定的成就，但目前重庆川剧和其他地方传统戏曲一样，都面临着剧种传承与继续创新，可持续发展的难题。
传统艺术原型要素的稀释变异
从民国时期的时装戏、建国后的新编历史故事戏到改革开放后成为主流的现代戏，随着社会的现代化，传统戏曲也随之踏上现代化改造之路，而在这一过程中，必会抛弃一些不符合现代审美的传统戏曲元素，包括传统剧目、传统曲牌、传统的表演程式等。以传统剧目为例，据《川剧剧目辞典》统计，川剧的传统剧目可考的曾有3000多个，现在仍然有本可查的传统剧目有2000余个。但近些年川剧舞台上日常上演的仅有不到两百个，不及其中的十分之一。⑰ 一些经典的传统剧目面临着人亡艺绝的危机。
而近年来上演的戏剧或是现代戏，或是经过改编的传统戏，都致力于以创新形式来表现现代社会生活，融入现代音乐与现代戏剧的元素。以两部经典的“中西混搭”的作品为例：《灰阑记》的台词中加入了“包二奶”、“试管婴儿”等现代化的网络语言和热门话题，而《金子》借用了西洋歌剧的轮唱、合唱、和声的方式，将西洋歌剧的唱法融入川剧的唱腔，形成一种新的川剧演唱特色。⑱ 戏剧评论家陈仲培对川剧的创新表示担忧，他曾提到：“在创新问题上，千万不要离开川剧母体，过多地追求时尚元素，搞得不中不西、不伦不类。”他认为以沈铁梅为代表的重庆川剧界的当务之急应该是将传统剧目尽可能地继承下来，“无论是沈铁梅，还是整个川剧，在目前阶段，我认为继承传统是第一位的, 还要加大力度；其次才是改革创新，要谨慎而行。” ⑲ 这种担忧道出了川剧的原型要素已经在川剧现代戏中稀释变异的严酷现实。
传统戏曲缺乏演出市场
21世纪以来，国家在传统戏曲的传承和发展上给予了资金和政策上的支持。2015年国务院办公厅印发《关于支持戏曲传承发展若干政策的通知》，其中提出要实施川剧振兴工程，提出传统川剧剧目挖掘整理、优秀川剧折子戏录像、川剧艺术展演交流、川剧资料抢救保护等措施，但也无法改变传统戏剧已逐渐被市场边缘化的现状。目前川剧演出团体的经营状况皆不容乐观，据调查，“2015年，重庆市主城区周边川剧的长期演出场所（剧场、茶馆、演艺会所等）由上年度的80余家减少到50余家。”⑳ 重庆市川剧院党委书记陈立平表示，川剧院60%的经费都来源于政府。2011年至2013年重庆因无法维持而倒闭的民营川剧团就有5个，整个川渝地区关闭的民营川剧团超过30个。
