1.“人档分离”现象频发
在人事档案管理中，我们把“档随人走、人档合一”作为管档的基本要求。而目前很多三甲医院档案管理理念浅薄，仍存在较多“人档分离”的现象。第一种情况是“有人无档”，指的是三甲医院在办理新人员的接收报到和入职手续时，并没有把档案的接收和审核作为办理入职手续的必备环节。这造成了一些员工入职多年后，档案仍存在原工作单位或原工作地的人才交流服务中心。有些员工工作多年甚至不清楚档案是存放在本地人才交流中心或是在生源地，需要利用原始档案查阅相关材料或者出据相关证明时才想到把档案转回单位管理。
第二种情况是“有档无人”。原因之一是流失人才的原单位舍不得人才的离去，尤其是高级专业技术人才培养不易，有些三甲医院面临精心培养多年的高层次人才流失，会采取扣留档案的办法想暂时留住人才。另一原因是离职的人员未及时把档案转递到新单位，办通了离职手续进入新单位后便全身心投入工作，不重视档案转移，导致医院已没有这名员工却还存放着人事档案。这种种人才流动后的“人档分离”现象都会使三甲医院的人事管理与档案管理脱节，大大影响了档案管理工作。
2.档案转递不规范
人事档案转递，是指员工由于工作调动、辞职、辞退等原因，与单位解除劳动合同，变更人员关系后，人事档案在各单位间或人才交流服务中心之间的转入与转出。三甲医院规模庞大，人才流动频繁，人事档案也随着人员的流动在各医疗单位间或人才交流服务中心间流转，但是部分档案管理部门缺乏专业的档案管理人员，档案管理理念和专业知识不足，责任心不强，加上各单位间沟通机制空缺，监管不到位，容易造成档案流转时交接不到位或者材料丢失的情况。在办理档案转递手续时，有些医院未按规定填写人事档案转递通知单，没有认真做好转递时间和地点的记录，甚至忘记登记，导致人事档案去向无从查找。在整理待转递的档案时，有些医院的档案管理人员未仔细清点材料，整理好目录，连同回执一并放入档案转递，导致档案材料缺失时也不清楚在哪个环节出错，责任不清。档案具有原始性特点，包含的学生时代的学籍材料、家庭身份证明、经历记载等重要材料，一旦遗失很难补办甚至无法补办，部分得以补办的材料也丧失了档案原始性和准确性。一些档案材料的遗失，导致个人信息失去凭证，无法得到证明，对于员工本人及其未来发展产生消极影响。
3.档案内容完整度欠缺
三甲医院医疗任务繁重，业务繁忙，医务人员平时全身心投入到临床工作中，关注医疗质量和业务水平的提高，注重职称晋升、科研开发及教学能力的提升，不注重收集自身在临床医疗、科研教学、学历职称晋升晋级、培训进修过程中形成的具有一定保存价值的纸质材料。医务人员普遍缺乏档案管理意识，没有真正认识到档案的重要作用，因此没有做到及时或者定期向医院人事档案管理部门移交和更新纸质档案材料入档，导致其个人人事档案材料的不完整。
另一方面，由于高级专业技术人员是各单位争相抢夺的主要对象，三甲医院流动性大的医务人员有很大一部分是高级专业技术人员。高级专业技术人员往往是医院的业务骨干甚至是学科带头人，平时除了完成繁重的临床工作外，还承担有大量的科研带教任务，并参加国内外的重要学术活动以保证能跟上医疗知识日新月异的步伐。其工作范围和工作性质与一般传统干部、公务员有所区别，档案材料的内容也更加丰富。除了学历背景、专业经历、职称职务、党团活动的档案材料外，三甲医院医务人员的临床科研、规培带教、学术探讨工作中产生的科研成果、专利发明、学术任职、教学评价等各类业绩材料都是单位进行人才评价的重要依据。然而，多数三甲医院仍按照传统的人事档案管理方式，不把业绩材料作为单独的归档对象。医务人员的业绩情况有部分可通过职称评聘、晋升材料和年度考核材料体现，但是仍然不够具体、清晰，也不具备时效性。当医务人员发生流动时，新组织很难通过档案材料信息来详细了解和掌握人才的专业特长、业绩全貌，也不便于医疗人才的鉴定考核和提拔