企业的内部审计计划中通常包括定期对领导干部进行经济责任审计，经过近几年的发展，经济责任审计日趋成熟，但审计结果的运用仍旧存在诸多不足之处，使得审计过程流于形式，无法起到其应有的作用。当前针对经济责任审计结果运用方面主要存在的问题有：
1“先离任、后审计”现象突出，任用提拔与审计结果脱节
在领导干部经济责任审计中，离任审计占较大比重，但在离任经济责任审计实施过程中，普遍存在领导干部已被提拔任用离开原工作岗位，针对其进行的经济责任审计才开展，审计程序严重滞后于领导干部的任用，这造成了审计结果无法为领导干部的提拔任用提供依据，审计作用也无法得到发挥。一方面由于被审计领导干部已离任，相应的责任追究工作无法落实，也不利于接任的领导干部对遗留问题实施整改。另一方面，由于人事部门委托审计不及时，使审计效果大打折扣。长此以往，针对领导干部实施离任经济责任审计仅为走过场，审计结果并不会被各方重视并利用。
2审计结果与人事部门需求未能契合，制约审计效果发挥
当前企业对领导干部实施的经济责任审计大部分仍局限于对财务收支活动的审计，与日常审计活动对比没有较大差别，这样的审计结果无法将领导干部的能力反映出来，对其在任职过程中做出的业绩或出现的问题也未能通过审计结果呈现，使得人事部门很难加以利用，无法实现有效考核评价领导干部的目标，也未能将领导干部的任用提拔或降职处理与审计结果挂钩，人事部门选拔领导干部不参考审计结果和审计意见的现象也随之出现。除此之外，由于人事部门与审计部门缺乏沟通，导致彼此对领导干部的认知存在偏差，信息不对称因素的存在一定程度上制约着审计效果，使得人事部门无法全面了解领导干部的履职情况，也使审计部门虽知悉情况但未能将具体信息充分清晰传递。
3.审计结果缺乏明确的评价指标，责任界定不清晰
通过实施经济责任审计得出的审计报告，通常拘泥于一定的报告形式，对所审计出的问题进行罗列并提出审计建议，却没有针对所有领导干部统一的评价指标，这使得审计结果中对领导干部的履职情况缺乏总体评价，很难界定所审计领导干部应当承担的责任属于何种责任，难以根据审计结果得出相应的提拔、降职、留任等措施，不利于进行责任追究，更加不利于之后开展整改工作。
4审计结果专业性强，未能实现转化利用
审计结果作为内部审计部门实施审计的最终成果体现是具有专业性的，同时得出的审计成果通常也很少进行转化，未能使特定的审计结果对应特定的提拔任免措施，这就不利于人事部门理解掌握具体审计情况及审计结论，在一定程度上影响了利用效果，加之大部分审计报告未能做到重点突出，对领导干部的具体履职情况评价缺乏量化指标，使得人事部门利用这些审计结果就变得相对困难，最终导致审计结果未能受到应有的重视，从而发挥其真正效用。
5审计整改流于形式，屡审屡犯现象层出不穷
对于通过实施审计查出的问题，很多领导不够重视，使得审计整改推行受阻，有的领导直接忽视这些问题，大事化小小事化了，有的领导虽实施整改，但只做表面功夫，对问题的整改丝毫未起实质性的作用。对于这些现象，审计部门由于存在权力上的局限性，其整改建议也只能是纸上谈兵，未能落到实处，加之很多企业内审部门整改督促不力，导致屡审屡犯的现象从源头上得不到制止。
6审计人员专业能力限制，审计评价存在片面性
众所周知，经济责任审计涉及方方面面的知识，如财务、经济、法律、管理等，这就更加需要复合型人才来开展这项工作，但目前实施经济责任审计的审计人员受其专业限制，往往局限于财务审计，导致审计重心存在偏移，难以全面综合的对领导干部进行评价，审计结果的片面性也影响了对其的利用。