最初台大考古人类学系的命名，在该系早年毕业生、人类学家李亦园的眼中，是因为李济“突出他的考古专业，所以将考古放在前面” ，并非是人类学与考古学学科地位旗鼓相当的表现。台大考古人类系从创办之初，就是按照人类学四大分支的架构而设置的，但1982年“台大考古人类学系”改名为“人类学系”之后，更体现了文化人类学的重要性渐渐高过考古学这样微妙的转变。这与大陆考古学与人类学割裂的传统相当不同。大陆的高校早期多将考古系放在历史专业之下，近年则有考古学专业从原先从属的系所中脱胎出来独立成学院的趋势，如北京大学考古文博学院、吉林大学考古学院和西北大学文化遗产学院等等。即便是考古学曾隶属于人类学系的厦门大学，2019年3月还是将同属于人文学院的人类学专业和考古学专业分开，成立了厦门大学社会学与人类学院。这反映出了两岸对于考古学的学科属性和层级有着不同的认识，意味着两岸考古学训练着重的内涵不同，背后更有各自的历史脉络和研究材料性质差异的背景。
除了上文所述的因袭考古学教育的历史因素之外，影响台湾考古学学科定位更为重要的是台湾地区考古学与人类学的材料性质。在考古学领域中，台湾有文字记载的历史时期比大陆短暂许多，大约只有四百多年，台湾地区考古出土的材料，主要和原住民相关，而这群人在台湾缺乏系统化的文献记载，只能通过现代人类学方法获得，因此在台湾考古学研究的一大面向“是对古代原住民历史文化的直接研究”。丰富的原住民文化为考古学的发展提供了广泛的民族志材料，提供有关过去社会的类比(analogy)，与大陆众多的史料典籍一样，民族志成为台湾考古学研究绕不开的文献材料，为考古学研究提供诸多启示，导致考古学难以和文化人类学割裂，故在高校的专业教育中，人类学理论、民族志相关的课程亦占必修课与选修课的较大比重。以台大人类学系的必修课程设置为例，至2018-2019学年结束为止，即便是选择考古方向的学生，也必须要研修至少四门与文化人类学理论相关的课程和两门民族志课程，一共18学分，占了近四成的专业必修学分(18/47)；而在开设的44门选修课中，如果不纳入关于考古文化遗产和考古教育展述的两门课，考古的课程仅有11门，剩下75%基本上全和文化人类学理论或民族志有关。
置于人类学下的考古学教育，让考古学的学生具有较强的社科理论背景以及较广的跨文化比较视野，但同时考古学的独立性和其人文学科特质则相对弱化。在大陆成为一级学科的考古学在台湾却几乎没有较强的学科独立性，使得在学科建制、资源配置、教师队伍、学生容量和课程设置上多有所限制。以台大为例，台大考古人类学系的第一个十年内培育了一批优秀的人类学者，但只有张光直一人成为考古学者，而现在台大每一届毕业的考古学专业本科生不超过20人，能最终投入考古学行业的比例也不高，同时，2019年台大人类学系专任教师一共13位，考古学仅有5位，占教师队伍的不到四成。将考古学置于人类学之下的学科定位，也让台湾的考古学教育在课程设计、教学方式都异于和历史学关系较近的大陆考古专业训练。