目前设神农架国家公园大九湖管理处、神农架国家公园神农顶管理处、神农架国家公园木鱼管理处、神农架国家公园老君山管理处四个派出机构（副县级），由保护与综合利用管理科（挂政策法规科牌子）负责神农架国家公园经营性事务。神农架国家公园内游憩展示区内生态体验、交通、住宿、餐饮、商店及文化产业等经营项目实行特许经营。
笔者走访神农架国家公园管理局和神农架旅游发展集团，了解到一些基本信息，同时对木鱼管理处和大九湖管理处进行了深度访谈，发现目前公园的特许经营还在试点阶段，并未出台相关法律条文。
在保护与综合利用管理科科室了解到，神农架国家公园管理局已经拟定了特许经营管理办法初稿，林区政府已于2018年年底通过，目前等待省政府的批准，交由省级层面正式颁布。在景区经营和管理方面，目前管理权和经营权没有分离，都是委托神旅集团全权负责，管理局只负责大方向上的政策指引和宏观上的监管。神旅集团是林区的国有企业，由林区管理，管理局在试点时期也是由省政府委托林区政府代管。两者之前存在相互合作的关系。景区管理制度是由神旅集团制定的，在景区范围内从事保护、管理、经营和开发利用旅游资源的活动必须遵守。集团公司负责监管所辖景区运营，对景区的旅游资源保护和开发利用纳入发展规划，并组织实施。景区管理机构主要履行旅游服务与管理工作、宣传贯彻相关法律法规、保护景区自然资源及生态环境、管理和完善景区发展规划、配套设施和环境卫生、制定景区各项管理制度等职责。
对于景区经营管理，集团公司对所属景区的经营范围、场所统一布局，经营者必须在指定场所经营，各景区负责日常监督；建立溯源制度，保证商品质量，所有商品和服务项目必须使用物价部门统一制定的标价签，明码标价。出具商品发票，建立客户信息档案，实行售后质量保证，做好产品售后服务，景区设置投诉点，及时处理投诉，维护消费者合法权益，景区和经营者必须接受顾客监督和行业管理部门监督。食品和餐饮的管理，经营场所清洁卫生，工作人员持证上岗，热情待客，规范服务，杜绝对人体有害的食品进入经营场所。
关于经营的纠纷处理，给经营项目的发展设门槛，在乡镇建设项目立项之初，由管理局预审，通过后方能立项。对于餐饮经营，需要管理局对场地进行审批。总体规划的功能分区有四个，严格保护区禁止开展任何开发建设活动和建设任何生产经营设施；生态保育区只允许建设保护性建筑物和科研监测型建筑物；游隙展示区可设置景区景点步道等，可细分为专业游憩展示区和大众生态旅游区。专业游憩展示区可建设少量的基础性设施，大众生态旅游区可适当设置观光、娱乐、游憩、住宿、度假和餐饮等设施。传统利用区主要是城镇和山上零星居民分布点和耕地。