1.系科设置模式固化，跨学科衔接断层
以学科为基础划分和设置系科是我国高校组织的普遍构建方式 ，公共卫生专业学位研究生也不可避免的沿用了这种系科制，很少出现跨学科设置的院系。这种固有的系科设置模式根据学科专业设置课程，要求有明确的主干课程且主干课程不能过多，专业目录中普遍缺少跨学科课程。
分学科课程教学模式在长期的沿存过程中，课程的有序衔接、重点难点以及教师的教学方式都形成了固定模式，教师和学生更容易接受这种驾轻就熟的学习方式，而对跨学科的学习和研究兴趣不大。这就使得公共卫生专业学位研究生的学习始终围绕学科知识为中心，造成公共卫生课程与其他医学课程的分割，跨学科之间的知识衔接与融合断层。学生掌握的仅限于公共卫生专业学科知识，不能形成完整的知识体系，这对高素质、应用型公共卫生人才培养的阻碍犹如“天堑”。
因此改革现行系科设置模式，打破学科壁垒对公共卫生专业学位研究生的培养是十分必要的。
2.课程内容陈旧，课程体系结构失衡
公共卫生专业学位研究生教育是为了培养基础性与应用性，实践性与创新性并重的高素质、实践型人才，课程内容应以满足公共卫生实践工作的需要、提高公共卫生专业学位研究生解决实际问题的能力为核心。但当前大多数高校的公共卫生专业学位教学普遍存在课程内容陈旧，课程体系结构失衡的问题。
课程内容陈旧一方面是公共卫生专业学位研究生课程与本科课程有大量重复，且在广度、深度、难度等方面拓展不大。经过本科阶段系统的学习，学生已经打磨出坚实的基础，专业学位研究生教育正是应该承担起激活学生创新思维，培育学生实践能力的责任。刀不磨不利，陈旧的知识灌输不但浪费了学生的学习能力，还会使学生丧失学习的兴趣。另一方面是公共卫生前沿性知识比重过低，课程内容更新速度慢。学生只能接受陈旧过时的知识移植，会使其知识面日益缩窄，与日新月异的公共卫生前沿领域逐渐脱节。
课程体系结构失衡一方面体现在对实践课和选修课不够重视，设置的学分值偏低，考核方式比较松散，甚至有将实践课程理论化的现象。这对公共卫生专业学位研究生实践能力和创新思维的培养是尤其不利的。另一方面体现在课程设置综合性不足。我国大多数高校的公共卫生专业学位研究生的课程设置，一般是由公共基础课，专业基础课，专业课组成，并辅以少量的选修课，跨学科、相关学科等课程内容很少。课程结构不能满足不同培养目标的学生的学习需求，制约了学生的个性化发展。
3.师资力量薄弱，教学方式落后
公共卫生专业学位研究生的培养目标对师资素质提出了更高的要求，教师的角色不单单只是知识的传递者，还应转换为学生能力的激发者。这要求教师必须具有坚实的多学科的知识结构，能够将能力延伸至跨学科的、整体的公共卫生专业学位研究生教学中，开发不同学生多方面的能力。但在实际教学中有些现象是不容忽视的：许多高校的教师习惯于传统的分科教学模式，往往只具备本学科专业知识，对跨学科、相关学科内容知之甚少，力不从心。还有教师既承担本科教育，又承担研究生的专业课程，师资力量的重叠性无法避免教学内容的部分重复，导致教授的内容与本科知识界限不清，不能体现不同层次的培养要求 。
此外，公共卫生专业学位研究生教学基本上还沿用“教师教学，学生学习”的传统课堂教学模式 。这种教学模式以教师和教材为中心，教师大多采用讲授为主的教学方式，习惯于单方面的知识灌输。教师在授课时往往把现成的知识和结论囫囵的塞给学生，学生大多会忽视探索的过程而接受老师的理解。这种传统的教学方法虽然突出了教师的主导作用，却制约了学生的积极性和主动性，导致学生在长期的被动学习中丧失对知识的兴趣，丧失思维和创新能力。