1. 教学督导地位不够高，督导结果执行力不足
高校虽然都成立了高等学校内部教学质量保障体系，意识到了教学督导工作的重要性，根据学校发展需要和工作侧重点，成立了符合学校自身特点的教学督导组织，但在大多数高校，教学督导组织不是独立的行政机构，多是教务处或教师教学发展中心的一部分，行政地位不高，主要进行日常听课、专项检查、专题座谈会等基本工作。虽然督导员听课时会对教师的教学进行点评指导，各项日常检查工作也会形成反馈意见，但由于教学督导不属于行政机构，没有执行权力，且不能参与学校教学等相关决策，所以这些反馈多没有约束力，学院及教师也就不能给予足够的重视，整改不到位，教学督导效果大打折扣。
2. 教学督导队伍管理不精细，缺少相关制度
为保证教育方针、政策的贯彻执行，推进教学督导工作的实施，国家制定了《教育督导条例》，但对于有效指导高校教学督导工作显得有些不足。高校将教学督导工作作为内部教学质量保障体系的重要组成部分，虽然制定了教学督导组织相关制度，但也存在权威性不强、制度不够健全的问题，一般只包括组织结构、职能性质、权利义务、聘用退出、待遇等基本制度，多缺少职业资格准入、追责、评估、培训等制度，更加缺少分学科的教学督导标准和相关制度。另外，教学督导老师多是学校退休干部教师和各学院有丰富教学经验的高职称教师兼职担任，缺少校外擅长教学或教学管理人员的参与，对于地方应用型高校，还缺少企业一线工作人员的参与。在新工科、工程认教育认证等高等教育发展的背景下，当前督导制度规范显然不能满足高等教育内涵式发展的新要求。
3. 教学督导工作多重“督”轻“导”，引领效果不足
目前，各高校教学督导组织能够有序地开展教学督导活动，按计划听课、填写听课反馈意见，进行专项检查和适时召开专题座谈会，部分向教学评估、教学竞赛延伸，但总体来说，教学督导工作还多是停留在“督”的层面，虽然能够帮助老师提高教学能力，对提升教学质量有一定作用，但随着科技发展、教育理念的深化，教师需采用新的教学方法，融入学科前沿知识，以跟上新时代的要求，且高校需要通过教学督导发现教学和教学管理中的不足，给教师和教学管理部门提供建议，进行针对性的改进。传统的教学督导工作方式显然不能满足以上新需求，高校教学督导对教学工作的引领作用还存在一定距离，亟需改进。