1 财务部门与档案室协同管理会计档案
财务部门按照国家法律法规和学校工作实际，独立开展各项会计核算业务活动，是直接产生会计档案的部门。根据《会计档案管理办法》规定，当年的会计档案，在会计年度终了后，可暂由学校的财务部门临时保管一年，再由财务部门移交给综合档案室保管。档案室经核实查对，确认无误后，按照有关规定办理移交手续，过程中双方应该严格履行自己的职责。确因工作需要推迟移交的，应当经综合档案室同意。单位财务部门临时保管会计档案的时间最长不应超过三年，临时保管期间，会计档案的保管也应当遵循有关规定，而且财务出纳人员不得兼顾保管会计档案。现行管理规定要求，决定财务部门、档案部门同时作为财会档案管理的责任主体，只有两个部门密切协同配合，才能实现有效管理、有效利用。
2 会计档案数量逐年递增。2013年至2017年，广西财经学院产生的会计档案数量逐年增加。数量增多，一方面对于库房容量要求越来越高，另一方面在收集、整理、保存方面也造成巨大负担。
3 会计档案相关制度有待完善
近年来，财政部、国家档案局为加强和规范会计档案管理工作相继修订出台了《中华人民共和国会计法（2017修正）》《会计档案管理办法》等法律法规。其中，《会计法》第十三条规定：“使用电子计算机进行会计核算的，其软件及其生成的会计凭证、会计帐簿、财务会计报告和其他会计资料，也必须符合国家统一的会计制度的规定” ②。《办法》赋予档案部门对违反会计档案管理办法的行为依法依规进行处理处罚的权力。目前，广西财经学院相关部门虽已认识到推进会计档案电子化管理的重要意义，但由于目前尚未具体实施，与之匹配的制度体系也还存于空白状态。
4 传统的纸质会计档案面临保存难题。即便纸质档案在归档入库前已采取消毒等相应措施，纸质档案随着时间推移发生变黄、虫蛀和霉变的现象是无法避免的，对利用率相对较高的会计档案来说，无疑制约其利用开发的潜在风险和隐患，可以列举财经学院会计档案近年来的使用情况。