《事业单位会计制度》下，质保金业务指按照合同约定当发生报销发票金额多于支付金额时，差额在“其他应付款，核算。即借记支出类科目，贷记”银行存款“零余额账户用款额度”等等，差额贷记“其他应付款”。当支付保证金时，借记“其他应付款”，贷记“银行存款”、“零余额账户用款额度”。
而在《政府会计制度》下，当发生其他应付款时，财务会计按照发票全额借记费用类科目，贷记“银行存款”、“零余额账户用款额度”等，差额贷记“其他应付款”。预算会计按照支付款项借记支出类科目，贷记“资金结存-货币资金-银行存款”等。当到期支付保证金时，需要对其他应付款明细科目余额发生时间进行区分，当此类业务发生在政府会计制度实施前，对于在年初过渡科目衔接时，已将相应项目在预算会计结转科目期初余额调增的，财务会计借记“其他应付款”，贷记“银行存款”、“零余额账户用款额度”等等，预算会计借记支出类科目，贷记“资金结存-货币资金-银行存款”等；反之，对于在新旧科目衔接时，没有相关调增的，直接做财务会计，借记“其他应付款”，贷记“银行存款”、“零余额账户用款额度”等。对于发生在政府会计制度实施后的保证金业务，财务会计借记“其他应付款”，贷记“银行存款”、“零余额账户用款额度”等，预算会计借记支出类科目，贷记“资金结存-货币资金-银行存款”等。