《事业单位会计制度》下，代扣代缴个人所得税的，按税法规定计算应代扣代缴的个人所得税金额，借记“应付职工薪酬”科目或者支出类科目，贷记“应缴税费-应缴个人所得税”科目。实际缴纳时，借记“应缴税费-应缴个人所得税”科目，贷记“银行存款”科目。
而在《政府会计制度》下，要注意两个问题，一个是在代扣业务发生时，并未发生实际支付，所以预算会计不能全部进支出，另外一个问题是财政零余额账户中资金按科目、项目等多维度下达，而每次支付给个人的资金与由它产生的个税应该同属于一个资金来源，而代扣和代缴又不在同一个月份，如果在代缴时，再分别去找每笔个税的资金来源，势必耗时耗力，又容易出错。
为解决以上问题，首先增设一个过渡科目（简称事业支出-待处理），然后注意在代扣时，在预算会计按全额区分不同项目（科目）记支出，同时，贷记事业支出-待处理，以冲销掉未实际支出部分。如果此支出从零余额账户支付，需要另做一个操作，即将代扣税额从零余额账户中的相应项目（科目）转入到基本存款账户中，为日后顺利完成代缴做好准备。具体账务处理如下：按税法规定计算代扣代缴的个人所得税金额，代扣个税时，财务会计按照全额（含税）借记费用类科目或者“应付职工薪酬”科目，按照实际支付给个人的金额贷记银行存款，按照代扣税额贷记“应缴税费-应缴个人所得税”。预算会计按照全额支出（含税）借记支出类科目，按照实际支付给个人的金额贷记“资金结存-货币资金-银行存款”，按照代扣税额贷记“事业支出-待处理”。对于需要从零余额账户支付的个税，另做一笔分录，按照税额财务会计借记“银行存款”，贷记“零余额账户用款额度”，预算会计借记“资金结存-货币资金-银行存款”,贷记“资金结存-货币资金-零余额账户用款额度”。代缴个税时，按照代缴税额财务会计借记“应缴税费-应缴个人所得税”，贷记银行存款，预算会计借记“事业支出-待处理”，贷记“资金结存-货币资金-银行存款”。