虽然中文学校对华人华侨子女学习中文提供了方便，但是日本华文教育在发展中仍然面临着一些问题。
第一，师资的匮乏。最初的华文教师是从中国聘请有经验的老师来授课，但这样花销太大，也不太方便。后来华文教师变成主要由原来华侨学校的毕业生和在日本留学的中国留学生两部分担任。原来毕业于华侨学校的毕业生，多是在日长大的三、四代华裔，中文水平有限。而中国留学生，虽然在语言交际方面有优势，但他们多是非专业出身，不熟悉华文教学理论，教学经验匮乏，不能保证教学质量。
第二，经费问题。按照日本学校教育法规定，华侨华人办学经费需自筹，自主经营，日本各级政府不予以援助，经费捐款和学费，因此财政来源不固定，造成教学设备老化、教职工得不到充实等问题。而日本华人华侨的收入参差不齐，对于经济条件并不太好的家庭来说，学费的负担之大不言而喻。
第三，学校规模问题。据日本法务省数据，6-15岁的中国国籍学龄儿童就有4万余人，而全日制的华侨学校仅有5所，其他都是小规模的中文补习班；全日制华校数量少又过于集中，相对分散在日本各地居住的华侨华人子女而言难以接受正规学习，造成无法系统地、持续地学习中文和中华文化，甚至很难理解身在海外的归属感。因此大部分华裔选择日本学校或者回祖籍国学习。显然，华校相对集中和数量过少严重制约了华文教育的深入发展。
第四，积极性问题。中文学校一成立就受到了华人华侨的欢迎，但仍出现很多问题，比如，学生中途退学或厌学的情况。因为中文学校和日本学校是两个相对独立的学校，学生往往需要同时上两个学校的课，这样学生感到压力很大，这种有负担的学习打消了学习中文的积极性，学生不得不选择退学。
在今后的日本华文教育中，需要采取多种措施予以解决。师资方面，应建立日本政府与中国政府及民间的华文师资交互派遣机制，以缓和日本华文师资短缺的压力。同时，日本华侨学校应大量录用赴日本的新华侨中的优秀分子，因为他们了解甚至熟悉中文文化背景，会汉语、日语双语教学，如果他们能够加入进来，则会进一步提高教学质量，推动日本华文教育的发展。在资金方面，由于日本的华文教育均为私人经营，各项经费大都源自于学生的学费，而非日本政府的支持和扶助，因此，可以通过华人社团募集资金以缓解经费紧张问题。同时，可以对各种教学资料和仪器设备进行回收和再循环利用，以降低学生的学习成本和学校的办学成本。在学习积极性方面，由于华人华侨家庭数量较多，可以为学习中文的学生营造一个中文环境，在家长、同学、老师之间架起中文学习的桥梁，让学生尽量用中文来交流，去体会中文学习的乐趣和成就感。