1.应用型高校通识教育培养目标较局限。
研究型高校与应用型高校课程目标与培养方向、学校与社会期许存在较大差异，从而对通识教育的重视程度与教育观念、教学落实存在明显不同。研究型大学以精英人才为培养目标，以高水平科研成果为支撑，通识教育的定位为具有家国情怀、责任担当、具有国家战略眼光、注重社会文明进程的多学科交融和具有思辩能力的精英人才。而应用型高校以培养具有高技能、创新性地，服务地方经济的应用型人才为目标，更注重社会技能的培养。
2.应用型高校通识教育存在“文化缺失”
研究型高校的通识教育核心内涵是“文化”，如何培养“有文化的全人”是研究型高校通识教育的核心旨趣。北京大学的“通识教育文库”，试图把历史积淀与人类历史文化介绍给学生。复旦大学注重学生对传统文化的理解与认同，同时要求与其他世界文明进行沟通与交流。
应用型高校通识教育仍然停留在知识和技术层面，而非精神与文化层面，主要涵盖两课、体育、计算机以及部分人文课程等传统课程，而通识教育不等同于人文课程和专业课程，不是培养人文知识与专业技能，而是培养具有理性思维与辩证思考、全面发展的人。因此，应用型高校通识教育的课程难以把握通识教育的要义。其次，通识教育缺乏文化整合。通识教育的英文翻译借鉴了“通”和“识”的解释，而通识教育具有综合性、多样性以及民族性的特点，应该立足于自己民族优秀文化传统的基础之上，体现出民族性与国际性紧密结合的特点，促使不同学科之间的相互渗透与交融，提高学生的综合思辨能力。
3.应用型高校通识教育管理机构缺失
目前研究型高校普遍设有学校通识教育管理委员会和通识教育指导委员会，有些成立学院或书院，具有组织保障系统，而应用型高校缺乏通识教育的独立的管理机构，缺乏制度保障，导致了通识教育教学很难与其他学院的专业课程教学进行有效的沟通与协调，缺乏教学资源与课程的统筹管理。其一,课程之间缺乏有机联系，无法形成合理的课程体系。人才培养方案中通识教育模块制定不严谨，对通识教育课程的论证不足，审核不规范，缺乏准入机制。其二，从教学模块看，研究型高校关注学科关联和知识互补，更注重学生逻辑能力、思辨能力、判断能力的提升与知识体系的统整性，而应用型高校通常以人文、自然、社会等通识模块加上专业技能模块，缺少对思维能力的提升。其三，从学分看，研究型高校的通识教育学分占30-40%，而应用型高校的通识教育学分占比较低，仅占总学分的２０％左右；从课程类型及数量上来讲，研究型高校兼通文理，注重学科交融，而应用型高校人文社会学科的课程占比达4/5以上，理工类课程占比较小，难以达到学科间的平衡、沟通文理、陶冶科学精神与人文精神的效果；其四，从修习时间看，研究型高校主要集中在前1-2年，先通识后专业教学，强调宽基础重修养的教育观念，而应用型高校贯穿本科学制4年，通识教育与专业教育同时开展，时间比较碎片化；其五，从教学条件讲，研究型高校借鉴西方通识教育的方法，实行小班化、导师制，注重师生良性互动与教学的深度延展，而应用型高校软硬件资金投入不足，以传统课堂大班教学为主，利用网络教育资源互补，教学改革甚微；其六，从教学质量上来讲，应用型高校各课程之间的教学质量悬殊较大。部分课程主旨不明、教学手段不足、课程内容浮泛、无理论深度，学生称之为“水课、水得很！”。