马克思主义理论是钱亦石教育思想的根本指南。他以马克思主义理论为依据，力图建立起适于近代中国社会需要的，具有“变动性”、“具体性”和“联系性”的现代教育原理。当然，公民教育思想也包括其中。
首先，他在分析近代中国国情和教育弊端的基础上，从反帝反封建这一主要社会任务出发，批驳了“教育神圣说”“教育独立说”“教育清高说”“教育中正说”等当时较流行的超阶级超政治的教育思想，指出“各种形式与内容不同的教育，不是个人主观的幻想，而是现实环境的产物。”“教育不是什么凭空生长的、独立存在的，它乃是受制于经济的关系（同时就是政治制度），而为某种经济的、社会的副产物，某种经济的、社会的形态之反映。”即教育不是独立的存在，而是在特定社会条件下的反映，是统治阶级统治社会的工具。此外，他也指出，教育不是万能的，而是“从必然的世界向自由的世界”，实现人自由全面发展的一个必要途径。其次，他运用马克思主义关于事物普遍联系的原理，分析了教育原理与生物学、社会学与哲学之间的关系，指出教育原理具有三个理论基础，即生物学基础、社会学基础和哲学基础。在论述“教育原理的生物学基础”时，分析了“遗传”、“环境”和“教育”在人的发展中所起的不同作用。尽管“儿童的本性，大抵是遗传决定的”，但是，“遗传所决定者不过是儿童本性上发展的‘可能’（potentiality）罢了”。而尽管“环境在人类发展中的影响，超出一切动物之上”，但也“不过是儿童本性上所不可缺的因素”。遗传和环境要想充分发挥它们在人的发展中的作用，则必须以教育为中介。在论述“教育原理的社会学基础”时，钱亦石指出，儿童“不是荒岛上的鲁滨逊，而是群居生活的一份子，他从呱呱坠地的那一天起，即发生人与人的关系”，个人是社会的产物，因此，教育“应该注重培养社会化（socialized）的个人”。在论述“教育原理的哲学基础”时，钱亦石指出，“辩证的宇宙观也许可以看做全部教育原理的原理”，因此，教育的主要任务在于“使学生依照‘现实’的真相去透视‘现实’，在复杂、错综、变化、发展的客观环境里，养成辩证的宇宙观。”通过分析教育原理的三个理论基础，钱亦石“为教育原理扩大了丰富的源泉”，使人们认识到，“教育不是孤立的范畴，而是全部问题中的一条枝干。”再者，钱亦石站在马克思主义理论的基本立场，分析了教育在人类发展前途中的作用。钱亦石认为，人类终究要摆脱必然世界而进入自由世界，在达于这一前途的进程中，教育“不是万能的，也不是无效的，固然说不上有决定的效能，但是确有相当的效能。”而这一效能要想得到发挥，“从事教育者必须与一切妨害人类发展的势力争斗，至少必须与那些为谋人类发展的运动取得联络”，因为“教育界孤军奋斗是没有出路的”。
总之，他试图在马克思主义理论的指导下联系中国国情建构教育原理，这在近代中国的时代背景下具有较大的历史进步意义。