（一）两者都赋予法官较大自由裁量权
从本质上来说，凡是行政权的运用过程皆是自由裁量权的运用过程。但不同的行政行为法官的自由裁量的程度是不同的。诚实信用原则和信赖保护原则都赋予了法官较大的自由裁量权。适用诚实信用原则意味着法官需要根据自己对诚实信用原则之理解做出判决，可以说每个人心中的道义是不同的，所以，此原则之运用，给予了法官很大的裁量空间。
信赖保护原则首先需要法官判断是否存在信赖基础、是否存在信赖表现以及信赖利益是否值得保护，然后在信赖利益和公共利益之间做出衡量，这两个层次都需要衡量。这些都需要法官运用自由裁量权去判断。
但笔者需要强调的是，两者赋予的法官自由裁量权并不相同，诚实信用原则具有高度的抽象性以及伦理道德色彩，使其难具有统一的标准，依赖于法官的职业素养来进行判断，法官的自由裁量权很大。而信赖保护原则有法律的明文规定，法官需要在行政行为的存续或者信赖利益补偿之间做出判断时具有法律详细规定作为参照。相较于诚实信用原则，信赖保护原则自由裁量权较小。
（二）两者都具有道德色彩
从本源上来说，诚实信用原则是道德准则的法律化，是将道德要求通过立法赋予了其强制力，成为了法律原则。故而，诚实信用原则具有浓厚的道德色彩。信赖保护原则也是具有道德色彩，如果政府朝令夕改，或者行政行为未经正当程序而撤销或者变更，致使行政相对人的正当合法利益受到侵害，这些行为都不符合正当的伦理道德。信赖保护原则的存在，正是为了让行政机关的行为符合一般的伦理道德。
（三）两者在内涵上存在相似之处
两者都注重对行政相对人利益的保护。行政法上，由于行政相对人和行政机关地位的不对等，处于弱势地位的行政相对人需要等多有利于其的法律规定。诚实信用原则要求行政机关诚实、恪守信用；而信赖保护原则要求行政机关不得随意改变已经做出的行政行为。两者都是对相对人利益的保护。
由于诚实信用原则和信赖保护原则有很多联系，故而学界很多人将两者混用，但两者其实存在着很多不同之处，具有明显的区别。