(一)扶贫对象知识和技能欠缺困境
少数民族的贫困问题是由自然的、历史的、社会的、文化的、宗教的以及传统习惯等诸多因素相互交织的结果。民族地区贫困人口普遍生产水平较低，生态保护观念薄弱，教育程度不高，且接受新知识、新信息的能力较差。贫困人口以正确理解生态扶贫的重要意义，对生态扶贫缺乏参与热情和自我发展意识。在实际扶贫开发中，贫困人口依旧将资源掠夺作为其生存发展的来源，对政府和政策的依赖性不断增强，自给自足的传统意识根深蒂固。贫困人口不愿意外出工作，将生活寄托于政府补贴和社会负责，这不仅限制了他们进入一些高附加值的复杂劳动领域，不利于劳动力的非农转化，而且主要从事的农牧业生产效率也较低，增收渠道和增收能力都受到严重制约。同时，少数民族贫困地区地理位置偏远, 自给自足的经济发展模式使其形成了独特的传统习俗文化, 这些传统习俗文化对于维护地区社会稳定具有重要作用, 但是一些独特的社交、宗教等活动与现代社会发展难以融合, 在一定程度上制约着当地的发展。贫困人口基于传统民族历史文化观对生态扶贫新要求认知不够，社会主流意识所倡导的保护环境、野生动物保护等法律规定，会与其长期以来根据民族生活方式、习惯形成的自然生态意识产生内在冲突。在对待贫困方面,民族地区民众既想尽快脱贫, 又对于国家提出的产业升级转型、技术更新、生态搬迁等政策举措心有顾虑, 担心对本民族文化造成冲击。凡此种种, 在某种意义上成为制约国家生态扶贫进程的观念桎梏。
（二）生态扶贫方式单一同质困境
尽管《生态扶贫工作方案》中提出要广泛动员各方面力量共同参与生态扶贫工作，拓宽社会力量扶贫渠道，形成社会合力。然而，由于生态环境的特殊性，生态扶贫呈现出周期性的特征。行政部门在生态扶贫中承担着大部分的工作责任。扶贫政策的制定、实施以及工作推进由政府单独掌控。社会参与机制和程序设计尚不完善，企业、社会组织、公众参与度不高，其他治理主体的力量难以充分发挥 。同时，当前各地社会参与生态扶贫途径以项目扶贫为主。项目扶贫短时间内很难得到回报，需要后期不断地投入跟进，经过漫长的时间投入才能见到成效，这一定程度上也影响了企业、社会组织和公众参与到生态扶贫行动积极性。致使生态扶贫效果不佳。此外，政府自上而下的单一扶贫方式存在撒胡椒面、重点不突出的问题，容易导致生态扶贫政策在某些少数民族地区难以落地。例如，当前少数民族地区生态扶贫中的生态补偿工程主要还是一种普惠性质的补偿制度，发达地区和不发达地区、脆弱区的贫困地区与一般地区的补偿标准一样，没有明显的区别和差异，尚未有面向生态脆弱和敏感的少数民族贫困地区进行有针对性的进行生态工程补偿举措，极大限制了生态扶贫工作的推进。
（三）社会资本利用不足困境
少数民族大多以社群、家族为单位聚居。一旦发生突发事件，便于相互帮助、共同应对。由此形成了群体内部团结协作的社会文化传统并传承至今。很多少数民族群众十分珍惜和重视社群、邻里之间和谐融洽的社会关系。然而，当前生态扶贫重点关注贫困主体物质资本的缺乏,对于少数民族贫困群体的“社会关系”重视不够。在生态扶贫政策自上而下执行过程中出现了地方政府与村寨社会融通“断裂”的情况。地方政府与少数民族贫困群体之尚未建立起平等的社会关系和足够的信任。扶贫工作部门及人员不能完全融入到贫困人群关系网络中。许多民族村寨山高皇帝远，对扶贫政策只能是被动接受，贫困人口融入和参与的积极性不高。另外，少数民族地区在历史上曾经蕴藏着丰富多样的传统社会资本，但是，随着少数民族地区进入社会转型期，从传统社会向现代社会转变的进程加速，少数民族村寨也不可避免进入现代市场体系。在现代社会，个体的独立性不断得以强化，但人与人之间的社会交互性日益削弱，使少数民族贫困人口陷入传统和现代社会资本之间的“缝隙”。工业化发展吸引一部分少数民族贫困地区青壮年人口外流，于是导致原有民族聚居地社会关系网络结点流失，村寨原有的社会关系和网络格局被打破，以民族聚落为基础的传统社会资本被丢弃；而少数民族贫困人口在新环境中也无法及时完成个人社会资本重建，结果“有破无立”，陷入封闭和边缘的社会生存困境之中。因而，在新的社会关系网络建立过程中，传统社会资本逐渐不断被解构，致使生态扶贫工作中社会参与不足，削弱了少数民族地区生态扶贫的效果。