（一）、内部控制制度不健全、执行不到位。部分医疗卫生单位未建立专项经费预算编制相关制度，每年上报的预算基本没有变化，没有考虑到实际使用过程中会发生的额外开支，缺乏前瞻性，导致资金出现缺口。在实际审计过程中还存在这种问题，对于存在下级拨款单位的医疗卫生部门，在上报预算时，未将下级拨款单位的预算变化考虑在内，当年下级拨款单位的款项由财政直接拨付，而本单位由于本年内未拨付下级资金，导致该年专项资金大量结余。预算编制制度不完善，指导性不强，预算编制及审核流于形式，未能使资金发挥应有的效应。
对于专项资金的使用制度，应当既包括根据针对该专项资金的具体用途制定的使用审批规范，也包括本单位制定的内部控制制度以及上级财政、卫生部门制定的专项资金管理暂行办法。在专项资金的使用过程中，不能无视本单位的内部控制制度，尤其是人员经费和工作补助。在实际审计过程中，存在部分专项资金使用人认为专项资金的使用不受单位内控制度的制约，人员经费及补助费用的报销标准可以超过内控制度要求的现象。对此，应当明确专项资金使用制度所涵盖的范围。
在内控制度执行落实的过程中，项目实施所需设备等应当按照《政府采购法》的规定实行招标采购。部分单位专项资金使用人在购置设备和服务时，仍然不清楚是否应该通过政府采购平台进行招标采购，甚至出现采购申请与实际购置设备及服务不一致的问题。
（二）、核算不规范、财务与业务人员缺乏沟通。专项资金的账务处理应当独立设账核算，不能和单位日常业务收支混合在一起。根据项目名称设置明细科目，专款专用。专项资金的财务核算应当明确区分项目业务与日常业务，不得将日常业务支出在财政专项经费中列支。在实际审计过程中，部分单位存在将专项经费购置设备计入单位管理费用科目或事业支出科目中的现象。还有单位将不同的项目支出错误计入同一个项目，导致账证不符。以及专项资金采购业务后附合同等原始凭证缺失，只以发票入账。财务人员应当加强与专项资金使用人的沟通，在专人负责的基础上定期参与项目工作汇报，减少信息不对称。重视会计复核，检查原始凭证的完整性，减少账务合规性错误的发生。
在实际审计过程中，部分单位还存在混用报销单的情况。当项目支出使用单位自制的报销凭单时，单位的三公经费应当区别于项目经费中列支的餐费、培训费、会议费等。单位三公经费的列支应当按规定填写公务接待审批单，计入单位管理费用，属于三公经费专项审计的范畴。专项资金中的餐费、培训费及会议费是业务活动费用，应计入事业支出-财政拨款支出，属于专项资金审计的范畴，不需要填写公务接待审批单。
（三）、专项资金使用不规范、支出结构不合理。专项资金的使用应当符合项目实施方案，参与项目人员的管理费及劳务费的发放标准应当符合相关规定，由项目组和财务部共同把关，资金的发放必须填写明细并签字。设备的购置、培训或会议的召开等要有年度采购及会议（培训）计划。实际审计过程中，部分单位存在这种情况，临近年底将已拨付未使用的经费赶工花掉，其中以用于广告宣传费居多。而对于广告宣传费，项目组应当首先做好市场调查，制定合适的发布频率，以达到较好的宣传效果。将较大比例专项资金用于广告宣传费，资金使用效益难以评估，容易造成资金浪费。