国内大部分高校环境工程专业的人才培养方案主要由自然科学基础、环境学基础、环境工程专业课程以及实践教学环节组成。由于地方高校环境工程专业办学实践短，其培养方案多借鉴部属重点院校，导致地方本科院校的人才培养定位偏颇。因为地方本科院校的环境工程专业学生的就业主渠道是环保企业、环保咨询公司以及部分地方环境管理部门，从事环境科研教学的比例较小，因此其培养方案更应当注重实践能力培养。其次，地方院校因师资条件有限，工程技术类课程开出率远远低于重点大学，而更多倾向于自身原有优势专业，这容易造成人才培养质量与学校定位和社会需求不符，难以适应地方经济社会发展的需求。此外，目前大部分地方高校培养方案中还存在人才培养目标不明确，造成学生对就业比较迷茫；教学内容与社会应用需求不符，实验室设备与社会主流设备脱节，如原子吸收、原子荧光、GCMS、离子色谱等大型实验设备没有机会学习；专业基础课和专业课排课时间安排不合理，基础课没有上完，学生学习专业课理解难度较大； 实践类课程实施过程中存在着实践课程流于形式，学生缺乏锻炼处理实际事情的机会；学生动手少、看得多，达不到实践的目的，实践锻炼与企业不对口，综合素质方面的培养偏弱等问题。