1、研究生毕业论文质量控制标准参差不齐
当前国内各高校都有一套自己的学位论文质量评价标准，而缺乏统一的研究生论文评价标准，国内部分院校论文质量把关体系值得深入学习及交流，而部分院校的控制标准有待提高。由于论文质量控制标准不同，研究生毕业论文的要求也有高有低，出现质量参差不齐的状况。
2、导师对研究生毕业论文督查不力
导师是研究生论文撰写的首要负责人，是研究生论文的指导者和第一阅读人，是论文质量的控制第一关卡。但部分导师忙于科研、临床、教学等，无法对学生进行集中、有效指导，或对论文质量要求低，甚至“放水”。因此，导师的研究方向、学术积淀、科研能力以及学术态度，尤其责任心，对研究生毕业论文影响较大，提高导师对研究生毕业论文的督查力度迫在眉睫。
3、论文送审制度不健全
目前各大院校毕业论文送审模式不一，部分院校采用“非盲审”模式，或由导师直接指定评审专家，此送审模式易受人情、关系等因素干扰，论文送审存在很大的随意性，论文质量评审缺乏客观性、公正性。
4、毕业论文质量控制标准欠缺中医药教育特色
随着中医药院校招生规模不断扩大，研究生教育逐渐由精英教育朝着大众教育的方向转型，由此带来的“量增质不增”现象日益凸显：研究生毕业论文缺乏创新性，选题不合理、格式不规范、实验数据欠缺或者统计不当、论文重复率高等情况。加之各大院校对于研究生毕业论文没有统一的质控标准，很多院校完全盲目借鉴其他热门专业、西医院校的质控方案，不能因地制宜，没有与中医药文化相结合，不符合中医药特色。