（一）指标标准体系不科学
目前，高校基建项目的绩效评价还处于探索阶段，高校基建项目指标体系设置还不科学，这主要体现在以下几个方面：
第一，部分评价单位还未建立健全有针对性的指标库和指标值库，考核指标无法从项目投入、产出、效益、满意度等多方面做到指标的全覆盖；第二，指标设置不够合理，没有从高校的实际需求出发，缺乏实际意义。定量和定性指标的指向性均不够明确，不能够准确反映高校基建项目的实际评价效果；第三，评价标准不严谨，对于基建项目效益和满意度的评价，定性类的评价指标偏多，评价结果受人为因素影响较大，使得绩效评价的结果有失公允。
（二）绩效评价方式方法不客观
目前，高校基建项目的绩效评价的方式方法还不够客观，具体体现在一下几个方面：第一，绩效自我评价方面，目前多数高校对于绩效自我评价，尤其是基建项目的绩效自我评价还不够重视，部分高校并不开展绩效自我评价工作。对于开展自我评价的高校，大多缺乏有效的组织管理和工程、审计的方面专业人员，这无疑影响了绩效自我评价的质量；第二，在第三方评价方面，目前由于评价单位人员、专业胜任能力不足等原因，需要引入第三方机构参与评价，此类机构多集中于造价咨询公司或会计师事务所。但部分第三方机构由于不具备足够实力、不了解项目实际情况以及未尽履职义务等原因，导致绩效评价的质量严重降低；第三，在评价方法方面，现行的评价、评估方法缺乏系统支持，往往都过多的依赖人工分析、整理、判断，对于基建项目而言准确性和效率不高。
（三）绩效激励约束作用不强硬
目前，高校绩效评价结果的激励约束作用还不够强硬，具体体现在以下几个方面：第一，目前，评价机构对于评价结果的运用比较单一，对于高校基建项目而言仅仅将评价结果用于项目申请和预算审核，而没有将结果进一步落到实处，反馈、跟踪高校后续整改情况，帮助高校提高项目管理水平的作用不强；第二，目前的与高校基建项目相关的绩效问责机制还不健全，当基建项目出现工程超概算、质量不过关、工期延误、验收不合格等问题时，对高校相关负责人的问责往往不够严厉，这导致高校的工程项目建设过程中，腐败问题得以滋生；第三，在基建项目方面缺乏有针对性的激励约束制度，基建项目的绩效评价的结果没有直接和干部的考评、职务任免、项目评审挂钩，这导致高校管理者为项目建设管理及绩效评级缺乏应有的重视。