1创新创业和专业之间的教育没有充分整合
高职农业专业虽然招生困难，但就业极为容易，导致进出口产生了冰与火的局面。为了吸入与稳定学生的来源，在招聘的过程中学校会极力宣传和强调农业相关专业具有良好的就业前景和形势,但是对现代农业之间的逻辑关系和创新教育形成了忽视，同时还忽略了创新创业教育和农业专业教育是相互并存的，所以，不能有效激发学生参与农业专业的兴趣，缺乏成就感，专业思想不统一，一学期或一学年下来转专业的学生人数较多。学校想要建立农业是有希望的产业、是能够具有吸引力的职业、农村可以成为人民安居乐业的家园，就必须利用创新创业教育来指导学生，并和学生的专业思想教育有效融合。
2.缺少完善的创新创业教育系统
大部分学校表示创新创业教育只适合少数有创新创业天赋的学生，而不是所有学生，不具有普遍性，所以，高职学校对于教育系统的创新和创业并非不关注，但只开设了一些无关紧要的通识教育课程，并没有对农业产业的特征创新创业教学体系。没有顶层设计，没有理论体系，没有实践体系，没有各部门分工协作，创新创业教育就不能得到良好的开展。创新创业教育是一项具有系统性的工程，应该创建理论、实践的课程系统，并建立运行保障制度，只有这种方式，创新创业教育才能获得可操作性余针对性。
3教师缺乏进行创新创业教育的能力
创新创业教育拥有很强的专业实践性。从事创新创业教育的教育工作者不但要掌握理论知识，更要有实践经验。根据各大高职学校目前的情况而言，开展这项教学任务的兼职教师，大多是辅导员，从“学校”到“学校”的青年教师也不少。仅仅具备书本理论，缺少实践经验，就好比纸上谈兵；就算是理论知识，老师也不一定能讲得透彻；教师缺少对农村发展现状的研究，对现代农业发展认识不足，上课前下载PPT，上课时抄写课本，教学模式单元，缺少实践指导和针对性。专业教师极为关注学生专业知识与技能的培养，对学生创新创业技能的提升具有一定忽视性，是课堂教学中极为常见的问题，师资力量薄弱对我国高职学校创新创业教育的发展造成了影响，同时也是导致创新创业教育不能取得预期效果的关键原因。
4实践平台不完善，指导与帮助力度不足
因为大部分高职学校对创新创业教育的关注不同，实践平台的构建也有很大差异。一些学校只开设了创新创业理论课程，并建立了创业协会、俱乐部等社团，组织了创新创业讲座和报告，却没有实践平台。为积极了鼓励学生开展创业和创新,一部分学校为学生供应免费的门面房间，为学生选择一些实体店经营，或投资于创新和创业实践教育平台建设的校园和校外,以及高级科技创业园区的建设和示范基地。但这些学校只注重“建设”而忽视“管理”，采用“放养”的模式，指导和帮助没能及时跟上。实践平台看似高高在上，实则是一种装饰，不能充分展现创新创业教育的价值。