1.智库数量众多，高质量成果不足
当前，我国智库呈现多元化发展态势，国家部委、各级地方政府、各类高校、研究机构以及企业都参与了智库建设，智库数量众多，但整体发展良莠不齐，具有较大影响力和国际知名度的高质量智库还不够，提供的高质量研究成果也不够充足。
2.各自分散研究，思想碰撞合力不足
顶层设计与整体规划不够，智库资源合力不足。在这方面主要表现智库资源配置不够科学;各自作战，缺乏思想上的碰撞与作用的合力。虽然各类智库在咨询决策建议中发挥了其专长和优势，但如果忽略不同专业特长的研究人员之间、不同特色的智库之间的沟通与交流，其各自的专长不进行深度的交叉融合，将产生不了思维的共振，形成不了合力，容易导致研究内容“孤岛化”“碎片化”， 不仅对于一些重大研究任务，会出现“一哄而上”、重复布局、只竞争无合作等的问题，还会导致在面对复杂的系统问题时出现治理措施乏力、效果不好的现象。究其原因，智库建设在联动机制和运行体系等方面存在欠缺，顶层设计和系统规划有待完善。
3.注重当前问题，战略层面的研究不足
智库与一般学术研究机构之间的较大区别是智库的研究成果必须要落地，针对公共治理等问题，从战略的层面进行研究、判断，从治理的角度提出建设性解决方案，对研究成果的实际效果要求较高。目前的智库改变了过去更多地注重基础理论研究的模式，以问题为导向，着眼当前实际问题的研究，提高了研究成果与政策的匹配度，有效改变了成果不接地气、不落地的问题。但是很多研究更加注重的是解决眼前的问题，存在着信息来源单一，囿于既定的立场，而没有足够的精力注重战略层面的研究的问题，在前瞻性上、再创新能力和全球视野等方面仍有一定差距。
4.复合型人才的匮乏与智库之间的思想碰撞不足
一方面智库面对的、要研究的是政府治理、管理与决策系统中的问题，这些问题一般具有复杂性、综合性的特点，涉及到多学科交叉的问题，这无疑对智库专家的专业背景提出了较高要求。而另一方面，我国人才培养专业性较强，复合型人、多学科背景人才匮乏，对于从业人员的继续教育重视程度不够，导致智库人才队伍中缺乏复合型的多学科背景人才；在智库内部虽然有不同学科背景的专业人才，但长期的合作容易形成固定模式，固定的模式容易形成惯性思维，从而缺少思想火花。此外，智库往往直接面对的是政府部门，各智库专长有异，各自发挥自己的优势，但由于各个智库之间少有深度的沟通，缺乏观点的交流与思想的碰撞，从而可能会限制更多的思想火花的产生。