（一）对意识形态工作领域的重要性还在一定程度上缺乏认同感
作为党的一项高度重视的工作，党必须牢牢掌握高职院校的意识形态领域工作。而在实际教学工作中，一些高职院校在思想政治和意识形态的认识中存在偏差，一是重视教学、科研工作的多，重视意识形态的少；二是部分师生对意识形态的认同仅仅是理论上的，缺乏情感上的赞同、肯定；三是一些高职院校的党委主管部门对意识形态极为重视，但其他领导班子成员及基层党组织对意识形态工作、认识不到位，甚至认为是小题大做。这些因素会导致出现意识形态的问题后，高职院校往往会处于被动地位，甚至手足无措。
（二）高职院校的意识形态队伍建设与阵地管理保障不力
作为加强意识形态工作基础和阵地建设的高职院校，必须强化对阵地建设的管理。当前，高职院校的意识形态管理尚且存在如下问题：一是学生社团的政治引领较弱，活动指导力度不够；二是拓展宣传思想工作的主阵地如论坛、报告会、作用没有发挥，网络新媒体阵地管理相对薄弱，制度尚未建立；三是尚未与有关部门联合开展合作机制，主动应对网络舆论攻击；四是领导干部对意识形态对媒体机制、舆情及网络监控等等教育培训还需加强。
（三）理论与实践结合不紧密，在实践过程中运用不强
当前高职院校的大学生对马克思主义所产生的理论背景、基本原理、毛泽东思想以及中国特色社会主义理论体系等这一系列的书本知识掌握度较高。但是在把这些理论运用在自身建设社会主义的过程中却存在短板。即主观意识的理解如果不能转化为实际的生产生活，则会对认同产生反作用。