全国各类高校开展在线教学的方式多种多样，效果不一而足，期间遇到的问题，主要在于以下几个方面。
（一）硬件设施问题
首先，网络不顺畅。在线课程的开展主要是依托互联网进行的，并且对网络的要求比较高，高校生源地广泛，各省各地区网络带宽发展不平衡，且除高校外其他各级各类学校都在开展在线教学，上课时间段使用人数太多时，网络卡顿、掉线等情况时有发生。其次，在线教学平台仍有待完善。目前国内可以开展在线教学的平台众多，无论主流平台还是小众平台，都没有经历过如此规模化的在线教学洗礼，无论是稳定性还是兼容性，都无法完全满足当前在线教学的需求，仍有这样或那样的问题阻碍在线教学的顺利进行。
（二）人员适应性问题
一是，大部分的高校教师仍然缺乏足够的在线教学经验。各高校接到教育部通知之后，都对教师既做了宏观的动员与要求，又组织了主要着眼于微观工具和平台使用的在线教学培训。虽然全国高校已涌现出不少能够熟练驾驭现代教科技术开展在线课程的教学能手，但是大部分教师仍然缺乏高质量的在线教学经验积累，线上与线下教育的无差异转化仍然需要时间。二是，学生的学习习惯是保证在线教学质量的另一障碍。目前的高校学生从幼儿园到大学都是接受面对面的、线下授课的传统教学模式，无论是学习氛围还是教学互动等都与线上教学不同，学生自觉克服周边环境影响、养成自主探究和高效参与在线课程的习惯仍需假以时日。三是，高校教学管理部门，平台技术服务人员也同样不可能在短期内做好充分准备。由于新冠疫情发展迅速，影响巨大，高校时值寒假期间，一方面在线教学保障的准备时间不够充分，另一方面在线教学的规模之大前所未有，无论是管理人员还是技术服务人员皆是匆匆上阵，大都处于边服务、边学习、边完善的状态。
（三）教学效果问题
一方面，在线教学并不是新事物，但规模化的在线教学对高校来说是新经历，教学效果无法准确判断。年初在全国抗击新冠肺炎疫情的形势下，按照教育部要求各地教育主管部门相继下发了延期开学，停课不停教、停课不停学的要求，各个高校都以最快的速度开启了在线教学行动，然而，面对组织在线教学的要求，无论是教学管理部门还是教师，都面临诸多困惑。另一方面，此次要求开展在线教学的课程数量众多，课程质量良莠不齐，教学效果必然不同。一门好的在线课程建设需要数月甚至更长的时间周期，原先已有在线课程积累的教师，可借此机会进一步完善并推出，教学效果必然不差；原先缺少在线课程经验与准备的教师，应学校要求匆忙上阵，教学效果可想而知。