现流传的《公孙龙子》主要是《道藏》本系统。明正统（1436-1449）《道藏》本《公孙龙子》，三卷，半叶十行，行十七字，上下双栏。版心书“颠三”及页码。无序跋，注以双行小字夹于正文，未著注者姓名，后世言为宋谢希深注。后之学者对该版本评价很高，严可均的抄本《子书六种·公孙龙子》跋中言“世所通行有前明绵眇阁本、《十二子》本、《诸子汇函》本，唯《道藏本》最善。”由《道藏》本发展而来的版本甚多，按有无谢氏注为依据可分两种，略以年代为序，兹列如下：

（一）谢希深注本
1.明《新刊五子书》本
明弘治九年（1496）李瀚《新刊五子书》，包括《鬻子》《鹖冠子》《子华子》《尹文子》《公孙龙子》，凡五种二十卷。其中《公孙龙子》三卷，半叶九行，行十九字，四周双栏，黑口，双鱼尾，版心下书页码。内容皆与《道藏》本同。
2.明正德、嘉靖间《十二子》本
正德、嘉靖间《十二子》本，又称《十二子》本，题名《公孙龙子》，一卷，半叶十行，行十九字，左右双栏，上下单栏，白口，单鱼尾，版心书“公孙龙子”及页码。无序跋，谢注双行小字夹注于正文。该本“慎”缺末笔，傅增湘言“宋讳玄、殷、敬、贞、徵、完、慎、敦皆阙末笔，为覆宋本”，按傅氏言此本或属“宋刊本”。
清江藩以《道藏》本批校过《十二子》本，异文凡11处，如下（注：以《十二子》本为底本）：“公孙龙楚平原君之客也”的“楚”字作“赵”；“乃是独用白色以为马”、“而独以色为形飞者”的“独”字作“强”；“宾曰离白，是为有马”的“离白”前补“为白是”三字；“或一物而有是非二召”的“召”字作“名”；“终是何者之右”、“名实之不当则无以反正道之衰也”的“何”、“衰”字作“向”、“丧”；“羊有角焉无角”的“焉”字作“马”；“两不明昏不明非正举也”的“昏”前补“者”字；“坚白三也”的“三”字作“二”；“以不当应物之不当命”的“应”作“也忿”。
3.正德、嘉靖间《十子》本
正德、嘉靖间还刻有《十子》本《公孙龙子》，是对正德嘉靖《十二子》本的影印。
4.明《五子书》本
嘉靖二十三年（1544）欧阳清刊《五子书》本，题名《公孙龙子》，一卷，半叶八行，行十七字，左右双栏，上下单栏，双鱼，白口，版心依次书“公孙龙子”、页码，无序跋。首页有“毛晋”、“汲古阁”两枚印章。藏于上海图书馆。《五子书》本与《道藏》本差异主要有5处（注：以《道藏》本为底本，以下校勘处皆如此。）：“故赏罚不由天子威福出”、“辈时君之有悟”的“故”、“辈”作“其”、“冀”；“相与四谬”的“谬”作“缪”；“曰以有白马为有马”的“有”作“非”；“宾白谓白”作“宾曰离白”。其中，“冀”、“辈”是属形近而误，“缪”、“谬”是通用字。
5.明《子汇》本
明万历四至五年（1576-1577）南京国子监刊《子汇》本。是本一卷，半叶十行，行二十一字，四周双栏，双黑鱼尾，花口。象鼻书“万历四年刊”，版心依次书“公孙龙子”，页码及刻工姓名、本页字数。刻工姓名有郭叨、郭仁、裴龙、胡存、易兹五人。首页右上书“公孙龙子”，下书“名家三”。杨俊光言《子汇》本“基本属于《道藏》一系”，然与《道藏》本异文凡14条，其中有与《道藏》本义明显不同者，如：“楚王遗弓”的“王”作“人”；“羊牛之非羊也，之非牛也”作“羊之非羊也，牛之非牛也”；“谓乱名是”作“乱名是谓”；“曰二可乎”的“二”作“一”；“见与不见与不见离”的第二“与”作“离”；“而在于石有见焉”之后有“有不见焉”；“疑其所正”之上有“正其所不正”。
6.明《十八子全书》本
万历五年（1577）冯梦祯刊《十八子全书》，影印《子汇》本。藏于北京图书馆。
7.明《二十家子书》本
明万历六年（1578）吉藩崇德书院刊《二十家子书》。前有德山子及陈省顿序。第八位为《公孙龙子》，半叶十一行，行二十二字，四周双栏，白口，单鱼，象鼻书“崇德书院”，版心书“公孙龙子”及页码，最下有刻工名。是本前有署名谢希深的《公孙龙子序》。正文天头有谢汝韶批注三处，对“楚王遗弓”事言“龙引得弓失弓正承仲尼所取，而言注解正名多一曾子。”在孔穿与公孙龙辩论中，言“此段与前大同小异”。《白马论》批注“此篇设为诘难问答，以贯前说”，认为《白马论》紧随《迹府》是为贯彻《迹府》中的理论。
8.明《诸子奇赏》本
明天启六年（1626）三径斋刊陈仁锡《诸子奇赏》，凡五十一卷，卷三十八为《公孙龙子》，前有谢序。该卷四周单边，单鱼，象鼻书“诸子奇赏”，版心书“卷三十八”、“公孙龙子”及页码。录《迹府》《白马论》《通变论》《坚白论》四篇及谢注，陈氏评注录于页眉。陈氏主要从文学创作方面批点《公孙龙子》，如尹文与齐王论“士”一节，就评言“文中关险”，“又幻出王令”，指出其创作曲折有致，又虚构合理，甚至赞扬“文意具佳，子书中当属第一”。