首先，案例教学要求与已有程序时限的冲突。
案例教学思维是对部分理论和知识讲解的基础上，通过组织案例讨论将理论知识与实际案例相结合，生动地展示理论知识如何在具体实践中的应用，清晰明了地梳理出现实案例的发展脉络，以案例讲述的形式进一步加深学生对教学内容的理解，有效地帮助学生较好地掌握理论知识体系，使其具备解决相近的问题的基本能力。教师在备课时，经常会遇到分析案例耗费大量时间，这就导致了与有限课程时间内要求授完教材要求的完整案例知识体系之间的矛盾。这种矛盾延伸到教师的课程教学过程中，案例教学通过相关的视频、数据、文献等资料的展示，需要耗费一定的课时对案例信息进行系统地剖析和挖掘，需要师生之间进行全方位、多层次的交流讨论，导致了案例教学与现有教学课时安排存在时间上的冲突。难以实现两者之间平衡的教师常常顾此失彼，或为了追赶课程进度而忽略了案例教学的完整性，或为了详尽完成案例教学粗略完成课程知识体系的传授，在有限的课时内完成教学任务和案例教学就显得捉襟见肘，目标与任务之间的割裂自然影响到案例教学的质量。因此，需要合理思考案例教学在传统教学中应该占据多少应有的比重，从确保知识体系有效传授的角度出发，权衡案例教学要求与已有程序时限的冲突，维系案例教学与课程任务之间的平衡关系，既保持案例教学的特殊意义，也要高质量地完成对课程知识体系的传授，保证从实质上完成案例教学的预期目标。
其次，教学案例选择的时效性与课程内容要求的矛盾。
教学案例是案例教学的重要基础，案例的选择直接影响到案例教学的效果，教师在寻找合适案例时，由于案例数据库的数量庞大且分散，某些学科的本土案例发掘力度不足，难以快速简洁地寻找到与相关理论知识比较契合且符合当地特色的通用性或针对性的案例，因而需要对案例进行部分的改造和创新以满足特定专业知识结构的要求。由于教学案例往往是已经存在或者出现了一定的时间，因而案例特定的情景不符合现实的实际情形，老旧的案例与现实情况存在一定的差距，部分特殊的案例未能及时更新，获得全面的、一手的案例又具有一定的难度，教学案例的时效性与适用性下降，难以满足阐释理论知识的需要，势必造成影响学生的接受兴趣。而课程内容却是案例理论和知识的脉络进行的，因此过往的案例应用实际的情况时，部分案例讲授者要么按照理论知识进行案例的讲解，存在理论与案例内容两张皮，不能体现案例与理论的关联性。要么按照特定的现实经验进行讲解，出现了实际讲授不符合案例情景，存在实际知识与案例情景脱节的情况，脱离了案例教学的原本目的。存在案例与理论的难以相互佐证的可能，就脱离了理论来源具体实践的认知模型，理论知识就失去了指导具体实践的教学意义。因此，在复杂且多变的时代背景下，满足理论知识对实际情况的现实指导作用，重视教学案例的择取和更新，加强教学案例与理论知识的契合度对实现更加优质的案例教学具有重要意义。