（一）混改与《专利法》的冲突争点与评析
混改合法性问题主要聚焦在是否违反《专利法》第六条，争议的缘由来自该条第一款和第三款的关系。第一款规定职务发明创造的专利权属归于单位，并表明职务发明创造包含两种情况：（1）执行本单位的任务所完成的发明创造（以下简称“执行本单位任务”的发明创造）；（2）主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造（以下简称“主要利用”的发明创造）。第三款指出“利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造”（以下简称“利用”的发明创造），其专利权属有约定从约定。对于二者的关系，学界主要有两种观点：法定优先，《专利法》第六条第一款优先于第三款；约定优先，《专利法》第六条第三款优先于第一款。
两个观点相比，约定优先观点更具合理性。从立法本意来看，“利用”的发明创造的归属应遵循合同优先原则适用第三款，即约定优先。实际上，第一款和第三款的边界并不一致，第三款规定的利用应当包含主要利用和非主要利用两种情形，“执行本单位任务”的发明创造应属于单位。同时，财政部令第100号第五十六条虽然扫除了单位对外转化的部分制度障碍，但未允许单位可与他人共享专利权。因此，“执行本单位任务”的发明创造依据第一款法定属于单位，“主要利用”的发明创造依据第三款有约定从约定。若这样理解，则部分参与混改的高校的权属处置与《专利法》第六条第一款的规定存在一定的冲突：川农混改方案将“科技成果”限于“承担国家、地方、企事业等科研项目和利用高校物质、技术、名义及其他资源”两种情形，且“二、重点任务”中第一条第一、二款表明完成人可与学校按比例共享知识产权。对于高校而言，成果主要是指执行各类纵向、横向科研项目所完成的发明创造，而纵向科研项目由国家各级政府支撑，横向科研项目则来自于企事业单位，因此“承担国家、地方、企事业等科研项目”可视为执行高校任务，此情况下成果归属应适用第一款，该方案的约定共享与第一款相抵触。成理混改方案第四条第一款明确成果包含执行任务和主要利用两种情况，第二款明确由完成人和高校签订奖励协议共享成果，其中按约定处置执行任务的情形违反了第一款。攀大混改方案仅在第七条第一款和第八条指出“主要利用”的成果由高校和完成人按比例共享，第五条则明确无协议约定的归属高校，此办法对于执行任务的成果归属在无约定时才归于高校也突破了第一款。
从前文《专利法》第六条第一、第三款关系的定位来看，混改中双方约定“主要利用”的发明创造的权属没有任何法律障碍，约定处理执行“本单位任务”的发明创造则违反《专利法》规定，这也是混改引发争议的地方。然而，国家层面明确在全国范围内试点混改，为此2020年科技部等九部门印发了由中央全面深化改革委员会第十二次会议审议通过的《赋予科研人员职务科技成果所有权或长期使用权试点实施方案》，省有关部门也明确支持川内高校积极探索混改，再加上混改后高校有效转化的科技成果数量迅速增长，均表明其实施具有合理性。当前混改尚处在探索阶段，存在缺陷也在所难免。若想使混改有法可依，突破《专利法》第六条的法律障碍至关重要。
（二）混改实践中初始权利处置行为的法律定性
依据《专利法》第六条第一款，高校法定取得成果专利申请权和专利权的初始权利。那么在混改中，高校应如何处置初始权利？如何定性处置行为？川农、成理、攀大三所高校混改方案明确规定完成人和高校按固定的或者一定限度内约定的比例共享专利权。三所高校均将法定取得的专利权部分让渡给完成人，完成人据此获得了相关权利。知识产权的取得方式包括原始取得和继受取得，高校依据《专利法》第六条第一款取得专利权属，并非依靠他人的相关权利而取得，属于原始取得；完成人以高校的专利权属为依据，并通过申请或者协议约定而取得部分权属，属于继受取得。
完成人继受取得部分权属，那么继受取得以何种方式实现？该方式是否有偿？知识产权的继受取得方式包括继承取得、承继取得、转让取得。因完成人与高校之间不存在继承关系，且完成人的专利权并非通过合并或分立而获得，故完成人不是通过继承或承继实现继受取得。财政部令第100号第五十六条赋予了高校自主处置成果的权利，明确处置方式包括转让、许可、作价投资，而高校未限制完成人及其团队相应比例权利的使用期限与范围，且权利让渡的受让人是完成人，高校也不以获得股权为目的，故处置方式不是许可或作价投资。高校按约定让与部分专利权属给完成人，属于转让且具有合法性，因此完成人通过转让实现继受取得。
一般认为，《专利法》中的转让可以是有偿，也可以是无偿。有偿要求权利人让渡权利时，从受让人处获得了对价，无偿则无此要求。三所高校均重视完成人的非物质付出并给予其部分专利权的奖励，但并未要求完成人在接受奖励时支付对价，即转让是无偿的。